建立沿革:
溫府千歲於清初西元1644年，由唐山東石永陵，搭乘王船停泊在萡子寮海岸．於 農曆九月初一 清晨（ 九月一日 便成為溫府千歲聖誕），由萡子寮漁民捕沙蝦時所發現，當時船內有溫府千歲神旨牌位及肅函，漁民們合力將王船拖上岸後，返庄回報並邀庄民一同至海邊迎接王船上之溫府千歲回庄安奉．
溫府千歲王船靠岸，奉祀的廟宇，現在已經沒入距目前海堤以西約 三公里 外的海洋中，那時因海岸漸被浸蝕，無法居住，首次遷移到現今的萡子寮漁港北方 五百公尺 處，即現址同歸公廟前方。其間經過數次的修建，而後重建為二進磚造廟宇，後因台灣割讓給日本，在日本皇民統治下，所有廟宇神像均被拆除燒毀，普天宮亦不例外，諸神像由村民分別收藏奉拜。
待台灣光復後，再次集資興建二進竹廟，迎諸神重回廟府供奉。竹廟因經數次風災吹襲，無法修復，於民國三十七年(西元1948年)籌暮資金與木材，建造二進宮殿式；民國六十三年(西元1974年)增建前殿；民國七十六年(西元1987年)建造香客大樓與後殿神龕及蜘蛛結網，由此美侖美奐的廟宇，就全部完成了。
民國三十四年（大正20年，西元1945年），四月初旬，溫王爺借乩童起駕囑咐萡子寮眾弟子， 四月十六日 那天必定不可外出，危機將到，這是天機不可洩露，果然真於當日，盟軍派機來襲，對萡子寮投下三十餘枚五百k炸彈，及無數機關槍（掃射），每枚炸彈，落在莊中，後均跳出莊外爆炸，莊外彈痕纍纍，如不是溫王爺及列位正神，神威顯赫庇佑，箔子寮眾弟子，怎能逃過此劫，從此溫府千歲之神威遠播，信徒謁拜不絕。
數十餘年前，溫府千歲，時常借乩童起駕指示，萡子寮西南方，不久將出現金港。此言一出，信徒眾目相望，箔子寮是僻野之處，那會有金港呢？ 老 一輩的鄉親，對此說法，一點兒信心都沒有，但此乩言仍在莊中傳留，那時政府投資興建，台西及三條崙漁港，耗費鉅資，興建後，均因流沙過多，並非好漁港而荒 廢。近數十年前本區海域發生兩次大海難，喪生不少漁民，政府為確保人命安全積極覓地，籌建避風港，派技師在西海岸四處勘察，認為萡子寮現今漁港處最為適 合，乃動工興建，台澎通航人貨稱便，預言成真，令人欽敬。韋恩颱風來襲，客輪海鷹號來不及進港避風而沉沒，目前僅剩貨輪金鋒號行駛於萡子寮澎湖之間。
