建立沿革:
道光二十五年(1845)六月初七夜大水災，沿海居民溺死難於計數。依據《臺案彙錄甲集》(頁174-180)〈臺灣鎮武攀鳳、臺灣道熊一本會奏臺灣忽被風災情形摺〉：「惟近海之下湖、蚶仔寮、黛仔挖、新港、無尾墩、蝦仔寮、下崙仔、箔子寮、竹笛寮等九莊，地勢較低，當風雨洶湧之時，海水沸騰，汪洋莫測，俄頃之間九莊悉為巨浸。其民人之淪入大洋者，無從稽核，撈獲海邊及內港一帶遺屍二千三百人，棺十四具，…檢查該九莊被淹八百七十五戶，逃走得生難民一千一百五十七名口。…」 此九莊前七莊在現在口湖鄉境，後二莊在四湖鄉境。是開臺以來因水災罹難最多之慘禍。
依據相良吉哉(1933)編《臺南州祠廟名鑑》記載：當時嘉義縣守備曾玉龍前來將遺骨集中埋葬，嗣後並建廟，於每年六月初八舉行大祭典。 若依曾仁杰(1958)修撰〈金湖萬爺祠沿革誌〉是說：有臺南府鎮臺官曾玉龍…往諸羅縣帶同官兵，收拾屍體，擇以四湖鄉之廣溝厝新莊仔、三姓寮塚下寮仔附近，及本鄉之青蚶村南勢塚，並金湖港濱(編按應是下湖)萬善爺廟邊之大坵墳等四處，分屍埋葬。 另曾瑞珠(1943)《龍山派曾氏家譜．前代見聞》稱：時逢任嘉義協臺，曾光亮公即來收埋，…收埋清楚，上文北京報告…，道光降旨勅封「萬善同歸」。曾光亮…前任嘉義協臺之時，曾與我先祖父來往，他與我同縣又同宗，甚有重於親情，故來收屍埋葬。 上面所說可能均出於口傳，曾玉龍究任何職，光亮是否為曾玉龍之字，為同一人，有待考證。
該次水災確曾受到清廷重視，在《明清史料》戌編曾載：宣宗覽奏後，在道光二十五年九月十日下諭內閣：「著劉韻珂(閩浙總督)派委妥員，詳細查明被災輕重，要速經理。所請動用倉谷銀兩，是否足敷賑濟，務使海澨窮民，不致一夫失所。」
至於建廟之經過根據曾仁杰《萬善爺祠沿革誌》是說咸豐元年(1851)，移居下湖之舊新港志士仁人，籌募款項在下湖港濱建草廟，作為祭祀之祠堂，例年於六月初七、八、九三天，請僧侶誦經修懺，超拔諸靈。至咸豐八年(1858)，有貿易於下湖港碼頭之外埔商人王大冇者，向諸羅縣府聲請，轉奏清廷擬建雄壯之新廟，咸豐帝准撥庫財，助其興建，並飭令倡首者可通告，凡在下湖港往來之船舶商人、水夫、住民，勸募徵收樂捐。募款興工三載有餘，至咸豐十一年(1861)始告完竣，廟地118坪，廟畔一坵大墳墓，內外共164坪。同治十三年(1874)，自舊新港移至下湖、蚶仔寮等地之舊新港人，遷至臺子挖北建新港莊，又日本據臺後，阻止民間拜神，舊廟年久失修，終至垮塌，乃暫搭草棚安放神位，後來又沿舊廟南側牆壁，另建草廟以供膜拜。
光緒二十九年(1903)，由當時下湖口區長曾住，發起募款，拆除草廟在原址重建，並掘出咸豐十一年重修之「萬善同歸祠」石碑，移置新祠堂正位。昭和十一年(1936)，又因榱題磚堊剝落，再由口湖庄長曾蚕，主事修築及油漆，使耳目煥然一新。
民國四十六年，樑柱腐朽，難復舊觀，只略加修葺，而在金湖新港橋東另建新廟。將香爐及神像移往金湖新廟。民國五十七年，金湖旅外人士許水權，為保存歷史，倡首組織金湖港邊萬善祠重建委員會。於同年農曆七月拆除舊廟，並動土興工，九月上樑，十月立碑安香。於民國五十九年農曆六月告竣，計完成祠堂，納骨塔、焚金爐、事務所。由陳天配任主任委員，許水權、孫海、曾丙午、李進添、許萬居、陳天信為常務委員。邱水謨、曾人口撰寫碑記。
民國八十五年，蚶仔寮旅外人士林進金，倡議重建萬善祠。經徵詢各方意見結果，以保存舊祠，增建新祠為宜。故在舊祠前方與舊祠同字向另建新祠，擇吉於同年十一月動土興工，於民國八十九年農曆六月廿三日上樑，民國九十一年農曆六月一日，舉行入火安座，新祠造型為北方宮殿式，內殿則採用閩南方式裝飾。
