建立沿革:
本廟在三姓寮公墓之南，下寮仔聚落之北，是道光二十五年(1945)農曆六月初七夜大水災罹難者，集體埋葬「萬人堆」之一。咸豐二年(1852)重修大墳時，用金斗、水缸裝置骨骸，入土後在上面用石灰封抹成一纍纍之小墓坵，縱橫羅列約400個，並豎有「萬善同歸」石碑，復建一小廟，廟之正位奉有「萬善同歸」石碑，以供祭拜。後因年久失修，小廟垮塌，至大正元年(1912)修築時，改塑金身奉於正位，將石埤置於廟內。迨大正三年(1914)，原葬在鹹水堀，新莊仔西北(今廣溝厝西北，新莊仔己不存)之「萬人堆」(墳墓)及祠堂，因受海水侵襲，將之移葬及遷建於此。使毗連於原大墳之北，亦仿大墳做成一纍纍之小墓坵，約100個左右，並另立石碑與大墳並列。石碑有咸豐二年(1852)及大正三年(1914)重修之字樣。且在碑前舊廟之北建一小廟。
例年之祭典，原同在舊曆六月初八日舉行，後來為與新港(今金湖)方面錯開，改在初七日。南面舊廟，由下崙、箔子寮、廣溝厝、下寮仔之住民祭祀；北面新廟，則由三姓寮、林厝寮、三條崙、飛沙、溪尾之居民祭拜。南廟以求筊決定主事者，北廟則由各村長輪流擔任主事。歷經昭和十四年(1939)、民國三十七年、民國五十四年，陸續在鄰近發現之無主遺骸，亦築成小墳於大墳之附近。
民國六十二年，兩小廟已破陋不堪，共推箔子寮村長蔡奏為籌建委員會主任委員，以各村村長為委員，進行募款，籌建新廟。兩間小廟拆除後，合併將新祠正位定在大墳石碑前約距1丈有餘。民國六十三年農曆六月落成。 民國七十八年，成立管理委員會，每四年一屆，就各村長擲筊產生主任委員。聘劉宗吉為總幹事，後由其子劉基生繼任。
民國九十四年，萬善同歸塚受政府核定為縣二級古蹟。民國九十七年，以「下寮仔萬善爺廟管理委員會」之名稱，向政府立案，並募款解決廟地產權，及將來古蹟之維護。現由下崙村村長王清呈為主任委員，相關各村之村長為委員。
