創立年代參考文獻:
民國38年(1949)（陳清誥，《台灣省雲林縣市寺廟文獻大觀》，文獻出版社，1973年九月）
民國39年(1950)（廖泉裕，《雲林縣寺廟文化專輯》(下)，雲林縣立文化中心，1994年十二月）
明永曆27年，清康熙12年(1673)（文史工作者田野調查，2012年7月）
建立沿革:
清雲宮沿革誌
蓋聞神之為人崇拜，揆其生前，必有貢獻社會造福人群，或殺身成仁或捨生取義之偉大事蹟。
黃公名清雲字臣以，原籍福建安溪，生於明思宗末年。幼而頴異，及長，允文允武，志慮忠純。崇禛時，官室兵部職方司。值天下紛擾，明祚幾覆。公為保明室，輒起兵馳驅閩奧與清兵作戰，嗣因兵敗，終轉廈門投依延平郡王，謀復明室。王嘉其志，任以要職，自此追隨郡王抗清復明，效命沙場，屢挫清軍，清廷聞風喪膽，公因勳功昭著，永曆十四年庚子，加封伯爵。永曆十五年辛丑十二月，中土大勢已去，公乃隨鄭成功渡海驅荷闢台，翊贊建勳，功績彪炳。清康熙壬寅，成功卒，繼事嗣子經，辛酉經卒，又繼輔孫克塽。
康熙癸亥，清廷遣提督施琅平台，公忠眞不二，誓不帝清，乃偕同參軍林圯率所部赴斗六門（今之竹山）。
此地本為山胞遊獵之域，土沃泉甘，形勢險要。兩位遺臣乃築柵以居，時與番戰後拓墾至水沙連（竹山東方）屢遭番襲，番力日盛，終因兵少糧盡，戰事不利，遂與林參軍計議解散義軍，改裝平民，卜居大坵田堡尾寮（虎尾溪北方）教人耕讀，扶植梓里，不遺餘力。公之為人，剛毅豪爽，佈仁施義，濟弱扶傾，紓解民困，又平易近人。故地方父老敬之如父，稱呼清雲伯。正融樂歲月，安享晚年，詎料好景不常，癘疫猖獗，瘟情慘重，斃者續出。清雲伯施救患者，日以繼夜，寢食俱忘，未及匝月，夫婦均被感染，不幸先後歸仙，享年五十有五，歲在丙子。是時民眾哀悼逾恆如喪考妣。未幾常在該地顯靈，保護眾生，凡有災禍疾苦，有求必應，民以公生前愛眾，死後保民，乃提建廟奉祀之議。時值地方疲敝，議建草廟一間，暫為供奉神位。從此俎豆蒸嘗，流傳二百七十餘年（時為明朝永曆 27 年；清康熙 12 年前後，西元1673年）香煙不絶。
迨民國三十二年日人將該地一帶闢為機場，草廟亦遭拆除，致神位無從安置，信徒亦淡而遠之，時局所迫，實屬無可奈何。迨民國三十八年十二月，地方信士卜地重建廟宇取名清雲宮翌年農曆二月廿九日，廟乃告竣，遂定是日為清雲宮祭典之辰。規模雖小，傍有窀穸，然環境幽靜，一進靈域，特有引人入勝之感。民國五十一年一月，地方信士感廟之狹隘，發動擴建，並增祀城隍，福德正神，地藏王，目蓮等諸神，擴建既成，神靈益顯，香火鼎盛，每日善男信女趨拜者絡繹不絶，隨宮務之發展，亟需設法管理。
爰於民國五十二年二月召開信徒大會，組織清雲宮管理委員會，推選委員監事，並釐訂組織規程，正式向政府申請立案，旋於五十三年六月奉雲林縣政府雲寺字第玖拾陸號令准予登記在案。嗣因香客日增，善信出入為艱，及於民國六十八年十一月購地重建廟宇，六十九年十一月告竣並擇于當月廿三日舉行鎮殿及開光典禮。邇來管理得法，會務蒸蒸日上，故收入油香款為數可觀，平時對救濟貧民或協助地方建設等貢獻社會事業厥功至偉。惟尚需興革之處仍多，有待各界通力合作以達善美之境云爾，是為誌。
中華民國六十九年歲次庚申陽月 既望 蘇平祥撰誌
沈三郎敬書
清雲宮管理委員會敬製
