建立沿革:
小東山妙心寺主供釋迦牟尼佛，根據妙心寺沿革碑記載，山名小東為啟後學兼承東山之風志，寺名妙心係取大崗本山「妙義永開，心圓天地」法脈相承之義。 心覺和尚愛好文化，民國47年(1958)初率圓明師及足姑於大崗山麓種植梅樹，名曰超峰梅圃(靜心覺苑)，後將梅圃獻給超峰寺，48年下山，民國49年(1960)得周金聲居士之助，將其在台南縣永康鄉之私有地(今寺址)，以半賣半獻方式，籌建小東山妙心寺。
民國51年心覺和尚和監院圓明尼師建大殿，蒙心聽尼師之助於57年完成大殿大部分建築，隨即開光陞座，由開照和尚授與衣缽及印信為臨濟正宗。
民國58年(1969)心覺和尚圓寂，由圓明繼任為第二代住持。民國62年(1973)圓明尼師因法體違和，而推開證法師為第三代住持，後得傳道、圓祥、圓昇之助，民63年(1974)年建兩旁禪房，於民國67年竣工。
民國81年(1992)，傳道法師繼第四代住持，鑒於空間上的益見侷絀，遂於85年(1996)動土興建文教大樓，至民國88年(1999)建成。
民國96年(2007)，因大殿及兩側寮房年久失修而進行修繕，至民國98年(2009)完成整修，成今日之貌。
妙心寺除弘揚佛法、舉辦各項藝文活動外，亦成立「台南佛教慈恩婦女會」、創辦「妙心幼稚園」。並成立「中華佛教百科文獻基金會」，發起編纂「中國佛教百科全書」，為南部重要佛學資料中心。