建立沿革:
鹽行天后宮主祀奉天上聖母，原係清朝拓殖時期武定里州仔尾港天后宮天上聖母。洲仔尾，昔為台江內海港澳，與鹿耳門、赤崁、台員等互為鼎足，為台灣最早開發之地區。清康熙元年，鄭經率軍經鹿耳門由洲仔尾登陸，後鄭經建別墅於洲仔尾，其愛將陳永華亦在洲仔尾建花園（即今家樂福以東至縱貫鐵路一帶），且恭迎媽祖神像，奉祀於其花園內。直至明鄭覆沒，陳永華後裔遣返內陸，媽祖神像依舊奉祀於花園。
康熙22年(1683)，台灣併入清朝版圖，首任台灣府知事蔣毓英認為洲仔尾適合開闢鹽田，遂於當地開闢鹽田，地方因而繁盛，宗教信仰也隨之而興。
清康熙35年在洲仔尾建築天后宮，祀奉天上聖母。時廟前有一大塭岸，係南北往來要衝，且其地無橋樑，過往行旅倍感不便，後經知府蔣允俊捐薪造橋築水門，又廟前港灣是船隻起卸貨物之碼頭，也是魚販交易之場所，故有媽祖宮港之稱，媽祖宮亦為集會場所與居民活動中心。
昔時天后宮香火旺盛，每逢媽祖聖誕，信徒即以船隻裝載神輿航返原籍福建湄洲謁祖參香，恭請祖神香火，返境還要遶遊鹽堤，媽祖神威顯赫，威名遠播，連外境香客前來接洽搬請奉祀者，絡繹不絕。天后宮最鼎盛時期，有八庄十六寮，範涵蓋今台南市安南區、西港、七股、佳里等區，可謂名鎮南瀛。
乾隆23年(1758)，洲北鹽場被暴風雨摧毀，鹽民只好遷往他處謀生，洲北鹽場因此而廢場；乾隆53年(1788)，洲南鹽場又遭洪水沖刷，鹽堤崩潰，淹沒鹽田，鹽民再次四散他遷謀生。
道光2年(1822)，又逢狂風暴雨來襲，曾文溪崩決泥積，台江變成陸地，於是逐漸荒蕪，洲仔尾變成淒涼慌村，而原來附屬之鹽行反而變為主村。洲仔尾天后宮因庄民人口日減，加上年久失修，日漸傾圮，同治2年(1863)，又遭逢大地震，以致廟毀坍陷。
天后宮倒塌，聖母金身無處安置，於是將聖母金尊，移奉鹽行禹帝宮奉祀，而天后宮擁有士地一甲九分亦委由禹帝宮接管。
日治後期，推行皇民化之暴政下，寄祀於禹帝宮之大媽金尊被搬往二王廟與諸神共遭焚燬。開基二媽幸得信士護駕，輾轉送往今之關仔嶺碧雲寺寄存奉祀。直至台灣光復後才經庄民由碧雲寺請回，並由洲仔尾、鹽行、大竹林、三崁站四庄落輪流供奉。
民國37年(1948)，四庄耆老決議將倒塌廢置之天后宮拆除，將廟宇所有磚石暨廟產現金，分由四庄落收存保管。
直至民國56年(1967)重建，民國57年(1968)慶成。