建立沿革:
大眾廟又名聚波亭，鹽水鎮昔時稱「月港」，乃一天然內港，永曆16年(1662)鄭成功部將何積善及范文章等，帶領大批移民入台，在今大眾廟前關墾為貿易港，舟船往返於福州、廈門之間，並於此古榕樹旁搭建涼亭，以供過往商旅休息，由於前方乃商船漁船聚集之處，每當向晚漁火點點，有「聚波漁火」之美景，而名曰「聚波亭」。
昔時鹽水商業繁盛，往來大陸及台灣西部各港口的船隻雖多，但由於船隻受地形、季風與潮流影響，加以當時海盜橫行，航行險惡，於是航民皆迎請故鄉神明以庇祐航行平安。相傳當時曾有航行閩台之間的泉州商人，於杭海間遭遇海盜襲擊，正值危急之際，忽然出現一手執利刃之長鬚勇將，將來犯的海盜擊退，據傳其容貌頗與傳說中奉祀之雷府大將軍相似，方知乃大將爺顯神威。又傳，凡於海上航行時遭逢狂風巨浪，只要誠心向大將爺祈禱，皆能化險為夷。爾後，雷府千歲之顯赫神威，便深植於往來商旅心中。
後由於地形變化，倒風內海逐間淤淺，港口功能遂失，大將爺神像也由原奉於船上，移祀於聚波亭內。至乾隆6年(1741)，信眾聚資建廟，廟名沿用聚波亭，
又名大眾廟。
嘉慶6年(1801)，廟宇因受風雨侵蝕，多有損壞，境民集資重修。
光緒13年(1887)，再由地方仕紳黃存、黃宗琪等鳩資重修。
昭和2年(1927)，地震致使廟宇傾圮，然當時物力維艱，延至昭和8年(1933)，由王清賀、周清溪、黃耀等發起重建，至昭和9年(1934)竣工。
民國72年(1983)，為應廣大信徒祭拜之需，再度重建，並增建後殿地藏王殿為二層式建築，歷時四年完工，並於民國80年(1991)舉行慶成謝土。