建立沿革:
摘自 臺郡三郊「水仙宮」沿革簡介，水仙宮管理委員會 編輯，2004.11
．康熙二十三年（1684），此頃，台灣外貿商人集資草創茅頂竹柱篾壁廟宇，奉祀水仙王，為本宮之始。
．康熙四十年（1701），此頃，商旅信眾再集資改建為磚壁瓦頂廟宇。
．康熙五十二年（1713），原任台灣水師左營遊擊廣陵卓爾壇獻匾，題『川靈配嶽』，懸於正殿四點金前列前緣。
．康熙五十七年（1718），水仙宮重建慶成，知府王珍獻匾，題『著靈鰲柱』。
．乾隆六年（1741），台廈商旅陳逢春等捐資重修，填平廟前南勢港道為廟埕，購置南畔店舖七間，北畔八間，立碑於廟前埕覺津亭，並建造後殿，獻匾『萬水朝宗』。
．乾隆二十八年（1763），北郊商人蘇萬利等商號聚資六百大圓，於是年冬裝修聖像，並彩繪廟宇，為郊商護持本宮之始。
．乾隆二十九年（1764），台灣知府蔣允焄以廟前小港淤塞，為臨近居民所侵佔，下令拆除所侵佔之地，增廣宮前廟埕，計廣三丈，長十二丈，氣局軒敞，廟貌莊嚴，立水仙宮清界勒石記石碑於廟三川門內。
．嘉慶元年（1796），福建水師提督兼台灣總兵哈當阿、巡道劉大懿應三郊之請，頒『嚴禁海口陋規』示諭，刊刻於石，立於本宮三川門內，以杜絕海關文武員弁勒索弊端。同年，三郊大修水仙宮，改建廟北十三間店舖為三益堂，面朝南，移後殿福德正神至北鄰佛頭港景福祠合祀。
．嘉慶二年（1797），是年季秋水仙宮大慶成，由知府楊紹裘題『三益堂』，以論語益者三友，友直友諒友多聞，祈三郊對官府直言，對民眾多體諒，多作公益，商務廣通四海。另獻匾題『慧照東瀛』，則懸於佛祖廳。是時三郊所護持之廟宇，除水仙宮外，尚有大天后宮與鹿耳門天后宮二媽祖廟。
．道光十三年（1833），秋，知府周彥以三郊護土平亂有功，獻『衛國抒誠』匾。同時，三郊再修水仙宮。
．道光十四年（1834），十月，水仙宮重修慶成，前知府周彥題聯祝賀。
．光緒三年（1877），郊商黃南金發起，由府城郊商與各界人士捐資重修水仙宮，為三郊執筆水仙宮以後，首度有三郊以外人士捐款修建者。
．光緒五年（1879），水仙宮重修慶成，獻匾題『瀛東寶筏』，唯獻匾者改題『都人士公立』。三益堂三郊輪值制，由每月一家改由每月三家，聘進士施士洁為稿師，掌三郊實權。
．明治三十一年（1898），三郊與洋行買辦共組台南三郊組合，推洋行買辦王雪農為首任組合。
．明治四十二年（1909），第二公學校移至今立人國小新址，留女生於三益堂上課。
．大正元年（1912），三郊組合長王雪農卸任，由北勢街許藏春繼任第二任組合長。同年成立女子公學校，校本部設於育嬰堂，三益堂為分部。
．大正五年（1917），許藏春發起重修水仙宮，經費由三郊組合與對外募捐支應。同年整修完成，許藏春辭三郊組合長一職，仍任水仙宮管理人，組合長一職由謝群我繼任，為第三任組合長。
．大正十三年（1924），女子公學校在故縣署新校址啟用，三益堂女生移至新校址上課，三益堂復歸水仙宮。
．昭和十一年（1936），布商林允於三益堂創辦永樂幼稚園。
．昭和十六年（1941），台南州知事一番瀨佳雄於公會堂宣佈解散三郊組合，合併於台南商工會議所，並拍賣三郊產業，先拍賣義民祠與溫陵媽廟，水仙宮與大天后宮為總督府官員宮本延人等所阻暫緩處理。
．昭和十七年（1942），以太平洋戰爭延及台灣，為應付戰時需要，欲拆水仙宮為防空地，宮本延人力爭，並得總督府應允，陳明沛卻夥同李姓人士自行拆除，僅剩三川門，神像移祀海安宮，許藏春以護持無力辭管理人職，由王朝榮繼任。
．昭和二十年（1945），日本向美國為首同盟國無投降，台灣由中國派軍接管，改稱民國三十四年。是時，水仙宮僅剩三川門，神像移祀海安宮，宮內空無一物．
．民國四十三年（1954），郭炳輝發起就所剩三川門與部份中庭重建廟宇，僅一進，建材多取於拆除大後殿與三益堂之物，剩餘建材售與灣裡，一部份則移存省立工學院建築系保存。
．民國五十一年（1962），台南市連續三年亢旱，禮請本宮禹帝出巡府城繞境祈雨，為本宮禹帝首度出巡。
．民國五十三年（1964），水仙宮廟後曠地興建永樂市場，同年水仙宮建醮慶成。
．民國七十四年（1985），發起募款重修水仙宮。
．民國七十七年（1988），水仙宮重修完成。
．民國七十九年（1990），水仙宮重修建醮慶成。