建立沿革:
清康熙二十四年(1685)建(一說康熙五十七年(1718)道標千總姚廣建,謝修台灣縣志二),為府城七寺八廟之一,據道光十八年(1838)「重修藥王廟碑記」所載,自北勢街初建以來,即奉祀藥王大帝(韋慈藏),初坐南朝北廟堂狹隘,後因信奉者眾,乃於乾隆甲申年(1764)合境眾集資,卜得廟西吉地重建新廟,廟深三進,規模宏大、壯麗工巧,坐西朝東而與水仙宮相對,在風水上與五條港末端坐向朝西之五廟合稱六部,有五馬朝江一回首之勢(《藥王廟重修碑記》)。民國五十八年,因闢建協進街被拆毀中、後殿僅剩前殿,近年重修時遂向上發展為三層樓建築,廟貌雖新但廟內仍留有木匾(「福壽我民」乾隆五十三年楊廷理獻)、楹聯、香爐(道光十一年)及籤桶(同治八年)等古物;本廟為全台藥王廟之開基祖廟,每屆藥王生日,全省各地之分香廟及信徒湧至,極為熱鬧。