建立沿革:
光緒二十五年（民國前十三年，西元一八九九年），當陳甲乙先生在台南縣七股鄉西寮村，沿海一帶捕魚維生，海上時有狂風驟雨，「天有不測風雲，人有旦夕禍福」的恐懼籠罩人心，威鎮海域的女神，天上聖母媽祖婆，遂成漁民祈福求安的主要對象，陳甲乙先生在這種因緣下，前往北港朝天宮懇求上蒼賜乙尊大媽祖回來膜拜，在大媽祖婆的護佑下，漁獲每次豐碩平安事事如意，
經過幾載後，體能不如前，不能續捕魚，帶著大媽祖榮歸故里（烏橋）自己膜拜，於民國１０年（西元一九二一）年間，顯赫行醫救世社里，保佑運河船隻出入順暢，使信徒沒齒難忘情形下，向陳肚先生、陳連從先生（陳甲乙）的後代懇求供獻大媽祖與大眾參拜，就在此時邱煌先生，慈悲無條件捐出自己房舍與大媽祖婆居住，接受大家香烟，嗣候成立簡單管理委員會，委員及信徒供請大媽祖婆起駕令名，座落新南路（現府前路二段）座南朝北，因此令名為「新南宮」。
民國三十七年（西元一九四八年）大媽祖婆起駕指示，需要再度前往北港朝天宮，聘請二媽祖三媽祖，前來共同在新南宮行醫救世，現本宮供奉大媽祖、二媽祖、三媽祖、中壇元帥、徐甲真人。
民國八十四年（西元一九九五年）維新鋁業老董事長吳真主任委員，熱心虔誠購地贈與新南宮興建廟宇，境民踴躍捐款，以促其成，當年動土興建，於民國八十七年底全部竣工。