建立沿革:
民國四十一年春台南市名紳林耕宇居士聘請慧峰法師(1909-1973)來台南市弘法,先駐錫健康路(今體育路)竹溪寺,首在市議會禮堂講經,同年三月在竹溪寺啟建護國息災大法會,由台南市名流地方機關首長發起,據說三日中共有十餘萬人與會,當時台南市長葉廷珪並下令全市禁屠三日。
法會後又在民生路的天壇講經,經歷兩年餘,慧峰法師因緣成熟,台南市善信名流發起建湛然精舍於中正路(今忠義路)。先是成立護法會,由黃大爵、侯陳好二居士任正副主委,次組織財團法人於湛然精舍。後章嘉活佛、甘珠活佛均來駐錫兩次,當時每星期三、六有消災念佛法會,並開辦幼稚園補習班,以及青年弘法團。
民國五十六年春因為法務的擴展而拆除原有湛然精舍平房原址,改建為二樓高之宮殿式建築,並更名為「湛然寺」,至民國六十二年完成啟用。前住持慧峰法師,民前二年生,籍貫河北溪縣,出生於東北哈爾濱。民國二十七年禮慶一和尚披度出家,法名仁孝。次年春,於東北名剎哈爾濱極樂寺倓虛法師座下受具足戒,後畢業於青島湛山佛學院,並曾於般若寺及湛山寺等佛學院任教多年。民國三十七年來台,曾駐錫基隆月眉山靈泉寺及獅頭山元光寺,四十年春正式卓錫台南,四十八年春於大岡山東麓建法華精舍,並於其中掩關三年餘,民國六十二年十二月八日圓寂。 現任住持聖禾(水月)法師原為空軍中校,退役後於民國五十九年禮慧峰法師出家,畢生研究因明學有成,民國六十三年二月八日當選為湛然寺第二任住持,並於接任住持之後在台南新化虎頭埤建「慧峰大師紀念館」取名「佛隴」。後又於民國七十五年四月創辦「福田」月刊,兼行弘法與慈善,成績不俗。目前「福田」月刊為慧峰法師弟子雲庵尼師負責