建立沿革:
重慶寺據台灣文獻「台南市宗教誌」所載，創建於清康熙六十年（1721），原址在今楠農林區管理處，當時的建築為三開三進，寺宇寬敞，佛像莊嚴，晨鐘暮鼓，梵唄不斷，原是臨濟宗的一脈，到乾隆四十三年（1778）知府莊元樞捐俸重修，可惜沒留下碑文圖記，而有此因緣，本寺在府城被譽為「七寺八廟」之名勝。
在道光二十年（1840）巡台姚瑩倡議由府城各寺廟號召境眾，結合鄰近寺廟組聯境以作防匪抗盜，本寺當初也是屬於八吉境的一個聯境寺廟，其負責防守大南門城的防務工作，然於光緒二十一年（1895）台灣割讓給日本，日政府於大正五年（1916）成立台南州，為建州廳以便統治台南州，本寺的土地就被徵收，莊嚴梵宇因而被毀，一些寶貴的文物留失，爾後經境眾募款重建於現址，雖然從大叢林變成單殿一拜亭的小廟，但也不失莊嚴，在鬧中取靜也是個清修的好道場。
台灣光復後，本寺周圍公家機關林立，以至境眾他遷，寺務不振，以致淪為有寺無信徒之狀況，到了民國五十八年（1969）管理人王天恩居士等多位信徒，禮聘駐鍚在台北縣中和市貢噶舍的金剛上師──貢噶老人為住持，並託上師代管寺務，遂重組管理委員會，歷經重組後的主任委員童炳清、邵禹銘、黃冠榮，以及各委員、信徒的同心協力之下，弘揚西藏密宗噶居派（白教）佛法，始開南台灣密宗之始，今信徒已達三、四千人。
本寺主尊原以華嚴三聖（釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩），貢噶上師駐鍚後，因上師是修紅觀音成就者，所以現以密宗「大悲勝海紅觀音菩薩」為主尊，配祀「馬頭明王護法」為月劦神，而在本寺亦有道教之神像，如全市唯一的西嶽大帝，配祀速報司，功德司和牛頭馬面將軍，這是以前供奉於大武廟西北角的南星殿，因讓殿廟毀而移祀於本寺，此外更有全市唯一軟身的註生娘娘，更有本市四尊造形特別優美月下老人中的其中一尊，在本寺就有一尊。本寺亦附設「大悲利生會」，以遵照上師茲悲救人之宗旨，曾經多次受政府的表揚。