建立沿革:
同治年間,後人以石頭砌成小祠堂,祭祀當年抗清的明朝遺臣義士,並以小城隍爺為主祀。早期的祠堂香火凋零,光緒年間信士方馬德、方李親夫妻受神明指點,從台南縣安定海寮前往府城大林地區探親,返回時,因府城小南門已關,夫妻倆即在城內過夜並定居府城小南門附近,不再返家,並與小城隍爺結緣並成為虔誠信徒,並在民國初年獨力重修廟貌。民國72年因為政府整頓道路,拓寬開山路,舊廟拆除,金身移奉到現今廟址,並由方馬德之女吳方愛珠籌資重建,新廟直到民國八十三年才告落成。
小南城隍廟主祀大城隍公杜昭義、二城隍公朱一貴、三城隍公雷域輝。其中二城隍公俗稱小城隍,也就是民間所說的「鴨母王」,朱一貴少時養鴨為生,康熙六十年(西元1721年)起兵反清,在短短七日之內從羅漢內門一路打進府城,自立為王,卻又在短短一個月之後束手就義。