創立年代參考文獻:
- 永曆元年（ 1647 ）(文史工作者田野調查，2011年6月)
據「臺南市市區史蹟調查報告書／洪敏麟 著／臺灣省獻委員會編印／1975」載：
俗稱下太子廟，在府前路283巷2號，廟域面積51.75坪，廟房建築面積29.75，主祀中壇元帥太子爺，創建於永曆年間。至乾隆四十年(1775)築靖波門時，城垣緊迫，廟庭窄小，乃擇原廟略東地點現址遷建。民國20年因廟宇隔鄰之民房改建時，鑿地基震動，致使廟壁棟樑傾圮，乃加予重建，二次大戰期間遭受破損，民國三十五年重修。
建立沿革:
本宮奉祀中壇元帥（哪吒太子），創始於明永曆年間，已歷三百星霜矣。歷史悠久，為東瀛古廟之一。據台灣府土記載：「昆沙宮在鳳山縣土墼埕」，又據台灣縣志記載「太子宮在土墼埕尾名下太子宮」。鄭氏時期建。府縣志籍各有詳記。
按鄭氏時期，土墼埕保是今之地方法院，電力公司，監獄及南區石橋，昆沙，小西等里一帶，原屬萬年州（鳳山縣）有廟宇三座。據台灣府志寺觀（宮廟）篇記：「慈濟宮在鳳山縣者，一在安平鎮（今之本市安平區康熙年間亦屬鳳山縣）。一在土墼埕。關帝廟在鳳山縣者，一在安平鎮、一在土墼埕。昆沙宮在鳳山縣土墼埕。」前者慈濟宮及關帝廟均在雍正年間前後廢毀。僅存昆沙宮為當時鳳山縣土墼埕保唯一之廟宇。
本宮廟址原先建於前清軍裝局前（道台及府台軍裝倉庫），座東向西，正面臨海，據續修台灣縣志城池篇記載：「自小北門東旋至南小門止，盡植刺竹，西面衝海波不植竹，建大砲台二座，北砲台一座在小北門口臨海，南砲台一座在今之小西門前臨海」。光緒廿一年日本佔台，將前清之軍裝局改為刑務所，兩年後日本政府徵收廟，逐被拆除建築刑務所宿舍，今之看守所前至監獄大門口前面宿舍一帶皆是也。
從此被迫遷入現址。購買舊式民房之材料，暫建公厝以祀本神。直至民國十九年，因震崩塌而重建，光復後於民國三十六年重修，同年舉行遷建後首次祈安清蘸。經三十餘年歲月，因大殿歲時浸入，棟樑朽壞，雨漏壁淋，丹粉陳暗，復格局狹隘，思更新而式廓，經管理委員會屢次開會集議，在民國六十八年拆除，即行動工興建，歷時八載，於民國七十六年完成，使本廟凌駕舊日之壯觀，廟貌堂皇，氣象煥然一新，香火鼎盛。