水門宮原址在府前路上（俗稱十三間）為南廠保安宮分靈五府千歲及吳府二鎮，於民國八十二年(1993)在現址仁南街新廟落成，成立南廠水門宮管理委員會，於民國九十五年六月十二日許可登記財團法人台灣省台南市水門宮。
水門宮大殿奉祀五府千歲及吳府二鎮，陪祀福德正神、臨水夫人媽、虎爺，後殿一樓奉祀吳府二鎮陪祀徐申真人、月下老人，二樓奉祀觀音佛祖陪祀十八羅漢、閔元子、先賢祿位。
福德正神、臨水夫人媽、天上聖母
農曆3月15日吳府二鎮聖誕
農曆4月26日李府千歲聖誕