建立沿革:
摘自http://www.ylib.com/taiwan/tainan/city/north/n1_a.htm 開元寺的歷史背景
開元寺最早是鄭經設在台灣的亭園別墅，兼做其母晚年安居的處所。清領後，才將別墅改為佛寺，屬於佛教禪宗臨濟宗支派。明永曆年間，鄭經在金門、廈門沿海戰敗，退守台灣。一時間抑鬱失志，無心政事，就在當時郡治之北的洲仔尾一地，築園造庭，做為「承天府行台」，也就是在台灣的別館。永曆34年（1680）築造完成，又稱為「洲仔尾園亭」或「北園別館」。
清康熙29年（1690），當時的台灣鎮總兵王化行及台廈道王效宗，因見北園別館遼闊幽寂，竹林蒼鬱，是所謂「三寶地」，極適興築寺宇；而台灣當時又沒有大型佛寺古剎，於是決定改別館為佛寺，以彰顯大清盛世。修竣後，取名「海會寺」，又稱「開元寺」；第 1 任住持為志中禪師。到了乾隆42年（1777），台灣知府蔣元樞加以大規模修建，增築各殿、妝塑佛像，定下從山門、彌勒殿、大雄寶殿到大士殿的中軸建築規制及左右廂房等。修後冠稱「開元寺」，並留有碑圖、文說明。嘉慶元年（1796），為慶祝皇帝登基，遂取「聖天子綏靖海疆至意」，更名「海靖寺」。鎮總兵哈當阿並題 3匾：「三寶殿」、「彈指優曇」、「不二法門」等，至今猶高掛殿堂之上。
1895年 台灣割日，寺內惡僧寶山與日人勾結，擬將寺產出賣給日人，幸好出賣前夕該僧嘔血身亡，開元寺才得以保存下來。後來，經第 6 任住持玄精上人發願重修，以德啟眾，懲惡勸善，宗教風氣漸盛，開元寺舊觀也得以恢復。
民國47年，政府實行「耕者有其田」政策，開元寺因土地生產不足繳稅再度陷入危機。後經眼淨禪師與台南各界士紳名流合議處理，才化險為夷。此後，廟宇陸續添建修整，並創辦佛學院、幼稚園、慈愛醫院等，朝向多元化發展。目前列為 2 級古蹟的開元寺，扮演的已不僅是單純的寺院角色，而是一座與台南市民的日常生活關係至為密切的綜合性機構。