建立沿革:
蔴荳社東隅有牛稠庒水堀頭，昔為蔴荳港汕端。明崇禎年間，泉邑啟建王醮，晉江縣富美宮，李、池、吳三尊千歲隨王船東巡，航靠蔴荳港，牛稠庒先民立地築茅奉祀。永曆十六年（西元一六六二年），先民沐神恩庇佑，改建磚造神殿，顏廟號曰：保寧宮。前清乾隆二十（西元一七五五年），巡台御史勘悉水堀頭係一靈穴，竟假建水堀頭橋之名，暗行陰販地理之實，以石車阻厄地靈。未幾，境域迭遭災變，蔴荳港航道淤塞，牛稠庒漸次荒寂，千歲因之易狩他鄉。嗣麻豆瘟疫頻侵，居民不寧，哀鴻遍野，眾議恭請千歲回駕遶境，祈安植福，自此相沿成例，每年遂有「迎香」之舉。
民國四十五年（西元一九五六年），千歲循例自南鯤鯓回鑾麻豆駐蹕，農曆四月初六日振發神輿至水堀頭插香，指示重啟靈穴，信眾遵諭挖掘驗證，果見石車出土，麻豆、官田、下營居民聞訊，熱烈參與。計掘出石車三十六枚，巨石七十二粒，其數適與天罡、地煞之數吻合，外加棕蓑，壓勝祭物，昔日地靈被阻，顯非虛言。其有玄者：該地盛回之湧泉沈澱後，泥漿隱顯龍鳳圖案，飲之夙疾霍然而癒；塗之，頑症立見奇效。地方仕紳咸感神靈顯化昭彰，倡議籌建廟宇，著即成立「麻豆代天府建廟委員會」，公舉呂廷復氏總董其事。
民國四十五年農曆十一月二十六日動土興工，由中殿、前殿、後殿。原祀李府、池府、吳府三尊千歲，嗣增朱府、范府兩尊千歲，合稱五府千歲。民國六十八年建設巨龍，七十一年文物大樓啟用，七十九年天壇格局之觀音寶殿，欣見落戎，九十一年北香客大樓完工，麻豆代天府整體建設，終告畢竟全功。