本善寺為善行寺的別院,民國五十年善行室的納骨塔不敷使用,地方賢達人士建議,恭請觀音菩薩、南鯤鯓吳府三王爺協助指點吉地於佳里北郊北頭洋飛沙崙,南邊建大雄寶殿及淨房大寮等,東邊建蓮光寶塔於民國53年鳩工興建,民國58年落成啟用。
本善寺廟貌(周宗楊拍攝2011.07.21)
農曆4月08日釋迦牟尼佛佛誕
舉行浴佛法會
農曆9月29日藥師佛佛誕
舉行藥師法會