修禪院由開山舌淨尼師創建於民國三十七年(1948)，購台南府城東門巽方砲台改為寺院。民國四十年，增建大雄寶殿，於四十二年九月一日舉行大殿三寶佛安座開光。民國四十一年建華嚴寶塔，四十八年再建禪堂及講堂各一座多。
今廟貌為民國73年(一九八四)重建。
修禪院廟貌(2011.07 吳明勳 拍攝)
修禪院舊貌-巽方砲台(2011.07 吳明勳 拍攝)
修禪院圓通寶殿(2011.07 吳明勳 拍攝)
修禪院正殿(2011.07 吳明勳 拍攝)