建立沿革:
碧軒寺主祀觀音佛祖，當地人稱正二媽或佛祖媽。據傳，佛祖媽乃西元1590年在福建泉州開元寺開光，至西元1657年由僧人釋應祥大師奉請來台，在海尾登陸後，四處雲遊，1666年路經番社(即今日東山），稍作休息便東行至火山腳下一間木板搭砌之大廟（舊巖）駐蹕4年多，後因人為因素離開舊巖，前往半壁吊燈火之風水寶地，披荊斬棘草茅建廟創新巖，是為碧雲寺前身。
爾後1706年釋應祥大師奉佛祖指示，將自大陸迎請來台的觀音金身迎請至東山草茅安奉。釋應祥大師則回碧雲寺繼續修行，由於碧雲寺主神觀音佛祖金身供奉在碧軒寺，故兩寺同一佛祖神靈，血脈相連，因此有「碧雲傳香」之美名。
相傳，道光24年(1844)火山碧雲寺因兵燹而遭毀，東山先民遵從佛祖的指示，迎請正二媽至東山搭建便房安奉，後東山鄉境16村和鄰近的白河鎮4里等庄民共同興建「碧軒寺」，並視碧雲寺為「祖家」；此後，每年農曆12月23日必恭送佛祖上山，返回碧雲寺過年，俟過年後的正月10日，再舉行隆重的返駕大典，此即有名的「東山迎佛祖」，今為台南縣重要無形文化資產暨民俗活動。