建立沿革:
大仙寺主祀釋迦牟尼、觀音菩薩、三寶佛祖、地藏王菩薩，俗稱舊巖(碧雲寺為新巖)，相傳大仙寺為「仙人拋網」靈穴。
據〈大仙寺沿革〉之記載，清康熙40年(1701)，參徹禪師自福建鼓山親奉觀世音菩薩神尊來台，一日巡錫至台南縣白河鎮仙草埔，見此地風光明媚 、山姿秀麗，必為隱居修行福地，乃暫將觀音菩薩放置大樹下之石頭上，當禪師欲再另覓他處石，神像卻似膠漆緊緊黏住，移請不動，參徹禪師心知菩薩有意於此渡化大眾，紛是親自開山斬棘，結廬供奉，並嚴守戒律，誦經勸化附近善信。
乾隆12年(1747)，參徹禪師之徒弟鶴靈禪師為求一宏偉聖殿以彰顯菩薩慈悲襟懷，乃走訪地方士紳，出錢出力，募資興建佛殿，是為火山大仙巖。
其後，大仙寺在歷代禪師的主持之下，於乾隆55年(1790)，與諸羅縣(今嘉義縣)營參府軍官洪志高先生，再度完成修建工作。
嘉慶14年(1809)，太子太保王得祿集資將大仙寺初建之佛殿遷移至今大雄寶殿現址。
大正4年(1918)，大仙巖管理人廖炭居士，重建「大雄寶殿」。
昭和5年(1930)年，嘉南地區發生大地震，大雄寶殿毀損，施烏拋居士發動募款修建，至戰後才逐年修復。
民國37年(1948)，興建觀音殿。
民國39年(1950)，建造南北報恩塔及內山門、大殿兩側香客樓房。
民國42年(1953)，興建三寶殿。
民國53年(1964)，發生嘉南大地震，大雄寶殿毀損、石柱傾斜、斷裂，觀音殿全毀，由管理委員會及開參禪師募捐修繕，至民國55年(1966)才修復及重建觀音殿，並於同年興建地藏殿。
民國60年(1971)，興建放生池、放生亭、觀音亭、觀光大山門、報恩塔、靜思園、大圍牆等，並重建宮殿式之樓房等工程。
民國81年(1992)，再度重建，採北式建築。
民國94年(2005)，將原三寶殿拆除，重建三寶殿、準提殿、祖師殿等。
大仙寺為國內佛教九大門派之一，南台灣第一古剎，於民國74年(1985)經政府公告為古蹟。