建立沿革:
碧雲寺主祀觀世音菩薩，在嘉慶13年(1808)前後，與大仙寺原為同一住持，因此又稱之為「新巖」。據其廟志之記載，清康熙40年(1701)，第一代開山祖師釋應祥(俗名李鶴齡)，由福建省泉州府開元寺奉請一尊觀音佛祖聖像，渡海來台，從竹仔港(今高雄永安區)登陸上岸，隨後寄居於阿公店(今高雄岡山區)，數月後為了尋找更適合參禪悟道的環境，再奉迎觀音佛祖遍遊南部各大叢林，最後於枕頭山下(今台白河仙草埔)暫且落腳。過了幾年，應祥禪師發現於枕頭山南麓半山腰有處「半壁吊燈火」之靈穴，更為適合靈修參禪，遂親自帶著觀音佛祖上山，披荊斬棘，草建茅堂。然當時因碧雲寺財力拮据，歷經嘉慶、咸豐與光緒等年間次第興建，方得完成。(據《白河鎮至》之記載，碧雲寺乃由應祥禪師於乾隆57年(1792)，恭請一尊觀音菩薩聖像，渡海來台，初居阿公店（今高雄岡山），後到大仙岩，嘉慶元年(1796)，為尋晚年隱修之所，乃雲遊探勝，攀山涉水，擇一靈穴，終於在枕頭山南腰發現「半壁吊燈火」之靈穴（另傳此為麒麟穴），乃斬荊披棘，結茅構宇，並迎原供於大仙寺的觀音聖像坐鎮隱修，即為今日「碧雲寺」開山之紀元。)
昭和6年(1931)，碧雲寺原有之建築物，歷盡風霜侵襲，樑殘壁裂，乃由當時庄長陳按察等信士發起，集資改建。
民國38年(1949)，再增建清虛宮(天公廟)，至民國43年(1954)完工。
民國55年(1966)，興建地藏王寶殿，至56年(1967)竣工。
民國59年(1970)間，又續興古宮殿式三寶殿，並於同年重新改組為財團法人火山碧雲寺董事會。
目前整個碧雲寺建築體分為「正殿」、「三寶殿」、「清虛宮」(天公廟)與「地藏王寶殿」四大部份。於民國86年(1997)，由內政部評定為三級古蹟。今寺為民國94年(2005)整修完竣。