建立沿革:
妙壽宮「妙壽」兩字的由來有兩種說法，一為明朝末年；當時有一艘載有王爺的王船漂流至此，為附近漁民妙、壽二兄弟，在此拾得漂流而至的王船，先搭茅草屋供奉，現在廟斜對街的2樓上，仍供奉有朱府千歲與王船「金萬安」號。
另一說法由於保生大帝封號「恩主昊天醫靈妙惠真君萬壽無極保生大帝」因此取名妙壽宮，而妙壽宮內主祀的保生大帝，則是乾隆二十年（1755年），在中國移民來臺的渡頭邊建造了一座美侖美奐的廟宇，供奉保生大帝，配祀朱、李、蘇三府王爺及土地公，是泉州人重要的鄉土守護神。
妙壽宮也稱為「囝仔宮」，約當清乾隆乙亥(西元一七五五)，渡頭時宮前，廟埕非常的遼闊，不時有成群結隊的兒童，在廟埕前嬉戲，中國移民初到，見了熱鬧非凡，以此稱之。
此外，據當地耆老說，妙壽宮地處龍穴要地；有一年廟後掘井，結果井泉湧出，有如血水一般，令人驚懼，後經由神明指示，才知原來是誤掘到「龍」眼，一時蔚為奇聞。
民國2年及22年皆有修繕，民國25年重修，廟本體格局定於此時。民國38年小修。民國69年，市府開闢安平國勝路（即今之古堡街），廟右廂房及王船室被拆除。鑑於地盤低窪，每為海水倒灌所苦，於民國74年重修78年完工因之起高廟基四尺重建，而成今貌。
資料來源: 安平港國家歷史風景區