建立沿革:
通玄大菩薩院供奉觀世音菩薩與明明上帝，其前身為台南市北園街的南濟宮，係已故胡又太先生與石喜雀女士集合眾善亯出資於民國45年間所創建，屬一貫道常州組系統。
其時隨追石喜雀女士修道者，有石喜雀女士之兒子蘇鳴東、及追隨修者曾碧蓮、蔣美惠、劉貴珠、吳正雄、許正雄等數十人，皆發心真誠修道，清口茹素，律己甚嚴，自渡渡人，數十年如一日。民國83年石女士不幸因病辭世，由於其一生真修實煉，全捨全獻，功德圓滿。上天隆恩，賜封為通玄大菩薩。眾後學感恩神恩浩大，且念石女士提攜教誨之恩，乃共議集資於民國84年(1995)擇於現址，於民國87年興建，至90年完工，名為「通玄大菩薩院」，以資紀念，並將原道場由台南市北園街搬遷至此，為眾人繼續共學共修之所。