主祀開臺聖王，配祀有神農大帝、保生大帝、董公真仙、天上聖母、關聖帝君、觀世音菩薩。鎮元宮啟建於1985年（民國74年），是年完工安座入火。
年中重要記事為農曆正月至安平天后宮進香，確切日期由開臺聖王降乩指示，參與進香活動之信眾約160人，另外，逢農曆11月27日董公真仙聖誕千秋，當天會舉行謝平安，並擲筊選出下任爐主。農曆正月14日開臺聖王聖誕千秋、農曆6月19日觀音菩薩聖誕千秋、農曆11月27日董公真仙聖誕千秋，中元普度則於農曆7月15日舉行。
彭瑞金總編輯，《重修清水鎮志》，清水鎮公所，2013。