建立沿革:
據該廟碑文記載：本宮奉祀主神、姓朱名清，乃貴州臥龍山之龍府之神祇，十八世紀末期隨先民馬卡道族遷移來臺，落腳于當時東港邑之巷仔內庄，且為全庄之守護神。 (南州誌西元一九一五年日本戶籍資料顯示)而東港至巷仔內正好有一股聖氣相連(俗稱龍脈)相傳，朱府千歲爺助溫府千歲開基于東隆宮（為龍之頭部），而巷仔內庄之蓮池潭(為龍之尾部)，以至於五、六十年前東港邑迎王爺都要在巷仔內庄設置「王屋」，且為迎王遶境的第一站(俗稱庄母)，「供奉神祇之由來」恭送王船時再由龍喉出大海直奔中土龍殿。 公元一九六三年，開基祖朱府千歲爺駕前二大將軍(丁、乾)降乩訓示，朱府千歲爺已奉玉帝宣召掌管中土南天為南巡大王爺，且御賜卿王有日南巡至巷仔內庄，忽見龍脈將遭破壞，庶民，將面臨卻厄，茲事體大乃於潘萬得訓鸞救世，當時鸞生雖寥寥無幾，然境內境外之大小事項相求，朱府千歲皆能大顯神通逢兇化吉，朱府千歲爺受玉帝託付重責大任，豈能長駐民間宅邸，乃於西元一九七九年（民國六十八年、歲次壬戍年）商請周府千歲及南鯤鯓之五府千歲前來相助，玉帝大悅，該年桂月頒發玉旨設立鸞堂堂號稱之「清元宮」。 後眾鸞生有感於民宅過於狹小，遂提議興建廟堂，於現址土地由地主楊明川、楊海龍父子、劉阿來先生捐獻，於民國七十一年年初動工，農曆十月二三日竣工並舉行安座大典，九十九年再重修廟內彩繪。 本宮亦因此每年南鯤鯓李府千歲爺聖誕千秋之前，皆擇日組團前往參香拜壽，.由此可證，本宮之朱卿王乃是獨樹一格，由馬卡道族之先民遷徙來台之開基聖祖，一九一五年日據時期資料顯示臺省地區馬卡道族所膜拜之主神大多姓朱。