建立沿革:
建基於清雍正八年(1731)，當時稱為「天后宮」，奉祀湄州媽，通稱「里港媽」。相傳當時福建省漳州有一不知名商，隨身攜帶湄州媽祖香火護身來台，途經里港鄉東門郊外(即現在鐵店村)時，因患重病倒臥附近竹籬下奄奄一息，不得解脫。斯時適有一居民路過，隨即將香火囑託該民掛於竹籬之後，未幾與世長辭。不料，是夜掛於竹籬之香火忽然發出毫光燦爛之星光，遙望之宛如一對明燈照耀著全城，居民發現此一奇蹟，紛紛奔告「莊主王必進」，即遍傳全城。
「莊主」遂率眾前往探望並將該商人厚葬，且將該香火奉迎回城供奉，不久建廟奉祀聖母香火之議驟然而起。詎料，是年秋季，一陣大雨傾盆，此間二重溪流暴漲，深山洪流夾帶大批原木而下，居民拾獲一根大流木「百日青」，經眾議奉獻雕塑湄洲媽祖神像之用，於是廟宇於現址奠基。初建之廟宇簡陋草茅竹舍，乾隆十三年(1748)由地方出身欽賜主簿黃兆茂、太學生陳開基及地方士紳等籌資改建廟殿，並在廟前建置一座天燈，從此各地善男信女前來參拜者絡繹不絕。
昭和四年（1929）因廟堂年久失修，由地方人士再度募資重修，並增建大雄寶殿、文武聖殿(現更名為大成殿)，分別奉祀儒、道、釋，倡導人心向善，同時將「天后宮」更名為現今之「雙慈宮」。民國五十五年（1966）增建鐘、鼓二樓，民國五十七年（1968）為供奉「玉皇至尊」，決定新建「凌霄寶殿」，並將「大雄殿」移建東側現址歷時六載，「凌霄寶殿」亦於六十四年（1975）元月順利完。
在政府輔導下，於民國五十九年（1970）七月經縣府立案興辦「私立協善幼稚園」，但因地理環境限制，在六十九年（1980）七月策劃籌建「聖母大樓」時，予以裁徹。聖母大樓一樓作為善信休閒活動場所，二樓設置長壽俱樂部，三樓為宗教活動中心，四樓設立現化圖書館，成為目前全省現代化寺廟附設圖書館，對地方造福匪淺也。
寺廟沿革(洪麗雯拍攝2011.9.7)
雙慈宮重修碑記(洪麗雯拍攝2011.9.7)
重修里港雙慈宮碑記(洪麗雯拍攝2011.9.7)
重建大雄殿大成殿碑記(洪麗雯拍攝2011.9.7)
新建凌霄寶殿碑記(洪麗雯拍攝2011.9.7)