建立沿革:
根據萬善堂沿革碑記載：溯自清朝中葉時期，據傳云東港乃台灣第五大港埠（廟口溜：一府、二鹿、三艋舺、四淡水、五東港）商賈阜通，居民繁聚，熱鬧非凡，可見一般，依據本堂僅存一塊「萬善同歸」石牌，書款咸豐六年，由此可確定本堂之本原乃「萬人塚」，位於東港後寮溪邊（今之共和社區），清咸豐六年、西元一八五六年，斯時東港街東南方（今東港國中，共和社區）一帶盡為塚仔埔，先民在此埔溝堀邊開墾漁塭，將沉埋之無骨骸集中造一墳墓奉祀祭拜，以安靈氣，萬靈齊集，感應化育，有求必應，墾塭養殖人家，感恩庇祐年年豐收，事事如意晨昏焚香祭拜，附近居民亦聞神蹟，時常叩拜求應，無不靈驗，香煙日盛，時光荏苒。
依傳云：迨光緒年間甲午戰後，曾顯靈諭示，雕塑萬善公，萬善媽金身神相，並獲得地方熱心人士共識，以本原萬人塚，見一小廟祠命名「萬善祠」，.首由一符法大師，人稱「安仙」任廟祝管理，爾後香煙更加鼎盛，氤氳遐邇，信眾日增，尤其風塵女子信仰更盛，參香祈願事事依願，祈求香客絡絡不絕，香火延綿不斷，續任廟祝由埔仔角人氏劉耳先生擔任，第三任廟祝，由頂中街人氏周清源先生續任，至民國二十六年，西元一九三七年盧溝橋事變爆發，日本政府在大鵬灣建設海軍航空基地，而覓中後寮溪邊此塊塚埔暨塭地，作為日本海軍官邸（今共和社區）本堂隨即遷移現址奉，無主先人骨骸全數遷移至船頭里萬靈堂奉祀（此地乃高仙化先生向國有財產局所租賃耕耘之處，日常油香不足額也由高先生支應）。
迨民國四十年，斯年亦強烈颱風亦大水侵襲東港，本廟損失嚴重，搖搖欲墬，經高仙化先生多方奔走促請熱心人士捐資，並由本地木材商人周順興先生捐獻木材修建完成，單殿矮屋廟祠，以蔽風雨，至民國四十五年廟祝周清源年邁不幸仙逝，廟務無人達理，，由高仙化先生邀聘大陸人氏陳文季先生任廟祝，迨民國七十二年西元一九八三年凭神威浩蕩，香煙廣被，信眾更盛，堂主高天德（高仙化長子）有感廟祠破舊狹小，不敷納眾，據誠敦聘地方熱心士紳賢達籌組重建委員會，並懇請蕭文智先生擔任主任委員，聘蔡壽吉先生任廟祝，共襄盛舉，經諸位重建委員，在於經費拮据，艱難困境中，不遺餘力，不可能預期內，經一年之間，於民國七十三年，將坐東南向西北，二樓廟宇工程竣工，廟貌巍峨，金碧輝煌，虔設香案懇求上蒼玉皇上帝，升格堂堦，請筶獲准，並舉行安龕落成大典，合境平安。
迨民國八十七年茲因廟前地主，須興建高樓自宅，有礙出入，不得已將原座廟，修改樓梯轉移，座西南向東北，屢經一波三折終於定局，神道有方，萬善同享，威靈顯赫，千秋萬世，風調雨順，國泰民安。
萬善堂重建委員會