建立沿革:
靈帝殿主祀何府千歲，位居東港鎮之盛漁里，清乾隆末葉有泉州三戶先民遷至現今地區開墾，後陸續有其他先民遷入，並在附近荒地種植蔬菜，也因村莊周遭滿佈菜園，故以「菜園內」或「菜園仔」來稱謂此地域，相傳昔日先民奉請觀音佛祖、何府、茅府、馬府、泗府，伍府五位義結金蘭千歲，及吳中軍等七尊金身護海來台，祈求拓墾平安。
由於早年醫藥不發達，且民眾對新故鄉在信仰的需求，與亟需精神依賴，因而焚香參拜祈求何府千歲等眾神祇，保佑闔家平安諸事順利，又祈求皆有所應，何府千歲等神祇神威遠播，民眾前來祈禱日眾，遂而鳩金初建草廟，蒙玉皇大天尊玉旨特賜宮名「靈帝殿」，清光緒三十年（西元一九O四年、歲次甲辰年），適逢東港東隆宮舉行甲辰正科平安祭典，何府千歲玉奉旨代天巡狩擔任大千歲一職，巡狩督察陰陽，自此神威更加靈應，驅煞解厄救民無數，遐邇傳頌，後上蒼更特賜加封「代天府」銜稱。
早年靈帝殿為草廟，日據時期相同的為躲避日本皇民政策，將眾神明的金身請至眾鸞友家中藏匿，台灣光復後草廟因年久失修且有傾損現象，菜園內之庄民合議重建靈帝殿，經各善信捐輸，遂於民國三十五年竣工完成並擇吉日入廟安坐，時殿室內較為狹小，眾鸞友再議贊同，遂於左側增建一座旁室作為行醫鸞堂，蒙普庵祖師攜旨宣，玉賜堂號為「真空堂」，並由泗府千歲當任堂主神，之後凡信徒請神降駕扶鸞救世，皆在真空堂。
民國六十六年因賽洛瑪颱風來襲，廟體受損，地方有志人士遂再提議再度重建，又蒙鄉親及各地善信鼎力相助，工程順利完成，之後擇期舉行入火安龕。