建立沿革:
碧靈堂的主祀神為徐府三千歲，約清咸豐年間，徐府三千歲神像漂流至新園鄉五房村海灘，被在那裡作業拋手網的漁民拾獲，並供奉於海邊放置漁網小寮中，後來被東港漁民伍獅（已故）的祖先在海邊小寮躲避風雨時發現，見風雨強大而此神像所在之小寮卻安然無事，認為十分靈驗而恭請回家供奉。
徐府三千歲金身至伍家奉祀後，曾擇選伍家的後人為乩童，行醫救世直至乩童過往，才停止降乩行醫；民國後，伍姓後人伍枝萬先生加入共和堂為鸞生，亦至共和堂協助邢府三千歲救世，才又挑伍枝萬為乩子。徐府三千歲於共和堂降鸞救世神威顯赫，於是主事者特請雕刻師刻製徐府三千歲的神印好於敕符時使用，但每刻到共和堂的堂號時，便刻壞了，且連續三次，令雕刻師不敢再刻下去。
後來伍枝萬先生與鸞友張龍卯先生、張隨女士商談此事，認為徐府三千歲可能不願意掛共和堂的堂號，因而三人於民國六十三年（西元一九七四年、歲次甲寅年），借張隨宅中開基救世，並於民國六十四年（西元一九七五年、歲次乙卯年）堂號定名為「碧靈堂」，隔年就組隊參加東港東隆宮丙辰正科迎王祭典。
民國六十八年（西元一九七九年、歲次己未年），時信眾日益增多廟室不敷使用，因而遷至船頭里灰窯仔一帶，後來廟地闢為道路，於是民國八十二年（西元一九九三年、歲次癸酉年）六月再遷回東隆里暫奉於已故堂主黃仁棟先生宅中，經五年時間受各地信眾及該堂眾鸞友同心協力，鳩資購地建廟，至民國八十六年十月（西元一九九七年、歲次丁丑年）新廟落成，並舉行過火安座大典。