建立沿革:
據鄉賢林金炎在馬祖列島志中所言：「至蔡耕淪為海盜，為紀念媽祖娘娘，在南竿興建媽祖廟三所，即馬祖、津沙、鐵板三所天后宮」，蔡耕應是蔡牽，曾於嘉慶元年至十四年，出沒閩海劫船為寇。此言雖無可證實，但可資比較的資料有津沙天后宮所遺留清道光年間建廟捐資者石碑。本廟始建亦無可考，但已知曾多次重修，有碑文可供考據的有：民國三十二年張逸舟（仙遊人）「重脩馬祖島天后宮記」和民國五十二年彭啟超將軍題名，碑文言：「媽祖生性至孝，以及負父屍漂至本澳口故事。據聞天后宮為重建時是座木結構的廟宇，氣勢宏偉，樓高兩層，登上二樓可瞭望閩江口進出船隻…」廟宇經多次整修面貌全非早年模樣，據鄉老表示馬祖澳的天后宮，自民國以後，大約每隔二十年就要修一次，民國九十年拆除舊廟新建，聘莆仙一帶設計師，依湄州媽祖祖廟型式建造一座宮殿式廟宇。
據傳媽祖生於宋太祖建隆元年，卒於宋太宗雍熙四年；其祖輩可追溯及唐代，唐憲宗時莆田有個林牧有九個兒子，據說都曾任刺史，人稱“九牧林氏”，林默是林牧第十世孫女，父林愿，世居莆田縣湄州嶼東螺村，因出生一個月從不啼哭過，其父為她取名為默娘。據《三教搜神大全》云：默娘的母親「曾夢南海觀音與以優缽花，吞之，已而孕，十四月始娩身，得妃（林默娘）」，五歲時能誦《觀音經》，與神佛解下宿緣，長大後能通悟祕法，預知福禍，位鄉民驅邪祛病，極受里人愛戴，她經常乘船渡海，雲遊島嶼間，憑著其神通與一身好水性，在海上多次拯救遇難漁民和商旅，被人們稱呼為「神女」或「龍女」，有一次暴風雨天其父兄出海捕魚未歸，林默娘投海救父，不幸罹難，據本地鄉野傳說，林默娘投海救父，其屍身漂至馬祖澳口，村民將之安葬於現天后宮，後被莆田人得知將其屍身迎回湄州，現只遺留一方墓石於神龕前方數步之遙。默娘成神後屢被朝廷敇封，這與宋以後航運業發達有密切關連，確定官方正祀地位，得始於路允迪出使高麗途中，遇海難禱請媽祖而得救，返國後奏請宋徽宗敇封，錫廟額曰順濟。
清初，《使琉球記》一書曾記載：「天妃為父投海身亡」。連江縣志亦詳述其事：『媽祖於十六歲那年，其父兄駕船行駛到閩江口海域，驟遇風暴巨浪濤天，船毀人溺。媽祖毅然入海營救父兄，因浪濤洶湧不幸罹難，遺體雙雙漂流至馬祖澳口，村民將媽祖厚葬於天后宮靈穴現址，湄州嶼鄉親得知事故，將媽祖遺體迎回，徒留衣冠塚於此，千餘年來靈穴墓石皆未移動。 村民相傳：先民討海捕魚，遇暴風雨前夕或迷航時，岸邊乍現一團火球，引導漁船歸返避風險，據聞這團紅火是由媽祖靈穴發出，於是先民稱為「媽祖火」或「媽祖燈」』。
媽祖墓穴正是靈氣聚集所在，稍有人為干擾或毀損意圖，媽祖立刻顯靈阻止，據說民國五十二年，國軍部隊進駐廟內辦理伙食，不慎將廟一隅燒毀，為平息鄉民眾怒，軍方允諾協建，施工至舖地磚時，因工兵不敬任意將地磚舖蓋於墓石之上；次日，上工時竟然發現墓石上地磚皆支離破碎，其餘地面完好如初。經擲茭請示，媽祖示意：「不得改變原貌」。至民國九十年重建天后宮時，工人惟恐傷及聖物，欲暫時搬移原址，正用電鑽鑽地時，不料鋼硬無比的鑽頭突然斷裂，廠商擲茭請示媽祖後得知：「此乃靈穴不可更動」。當大廟落成，進行墓石彩繪時，任何材質的塗漆，皆難以著色，再經媽祖諭示：「墓石鳳雕圖樣保持原色」。廟方乃順媽祖諭旨保持原樣，以強化玻璃罩蓋靈石，並立碑記以示媽祖崇德。
馬祖列島因為馬祖澳的天后宮而得名。馬祖澳位於南竿西側，早在宋朝時就有人在此居留，在這裡曾採集到宋朝瓷片。「三山志」也記載南竿為「上竿塘」，至明清時代才改為南竿塘。清道光年間鴉片戰爭後，福州開放口岸通商，由於馬祖村天后宮位於閩江口外航運要道，具有航標作用。清光緒二十年，英國海軍海圖官局，將馬港天后宮測繪在南竿的地圖上，那時即稱南竿島為「馬祖」島，這是文獻上最早出現「馬祖」島的地名，可見馬祖地名與天后宮有著密切的關係。
自古馬祖島上流傳著許多和媽祖相關的傳說，「媽祖」對馬祖人的意義，不僅是地名上的淵源，更是馬祖人的海上守護神與信仰的中心。在境內的四鄉五島中，共有九座供奉媽祖的廟宇，其中，馬港天后宮最具代表性。
本境守土大王是各村莊的地頭神，村民往生時家人要前往大王廟報亡的，具有城隍功能，但又不同於土地公(福德正神)。馬祖地區「白馬尊王」「白馬大王」「文武白馬大王」來源不同，但都被當作「白馬王」來崇拜，但不影響他們虔敬的心。本廟所祀白馬尊王究為哪一系統尚無法得知，僅知很早以前就有。
臨水夫人為馬祖地區最為普遍的信仰，因為馬祖人相信臨水夫人有賜嗣、保胎、扶產、護幼的功能，許多廟宇都會陪祀供人膜拜。
福德正神也稱土地公，是一村境守護神，漢民族敬畏天地，自古皇帝即有祀天祭地儀式以求天下萬民平安，衍續至今，幾乎每座廟宇均會供奉之。
資料來源：2008，游桂香主持，《97年度連江縣民俗及有關文物普查計畫 （信仰、生命禮俗）》，連江縣，連江縣政府文化局
奉祀神明 (主神之外):
主祀神為媽祖娘娘，陪祀神為白馬尊王及夫人、五顯神君、臨水夫人、威武陳將軍、福德正神。
資料來源：2008，游桂香主持，《97年度連江縣民俗及有關文物普查計畫 （信仰、生命禮俗）》，連江縣，連江縣政府文化局
祭祀活動:
信眾均向神明自稱「弟子」，拜拜時先將蠟燭點燃於正龕前的燭台左右各一支；包括廟前的天公爐，每一只香爐皆插三支香，上香完畢再將金紙元寶拿至元寶爐焚燒，燒畢放一排鞭炮才算拜拜完畢，但近年已少有人放鞭炮了。
馬祖地區除了少數規模小、人口少的村莊，幾乎每座廟每年均有二個固定的儀式︰元宵節擺暝和春分夏至間的補庫，那是全村除了少數基督教徒和天主教徒之外的總動員，尤其是擺暝，其熱鬧盛大的程度更甚於過年。正月十五日擺暝，三月二十三日壽誕，九月初九昇天祭，擇日補庫。
資料來源：2008，游桂香主持，《97年度連江縣民俗及有關文物普查計畫 （信仰、生命禮俗）》，連江縣，連江縣政府文化局