建立沿革:
主祀神為巡山將軍，陪祀神公爺、師爺。
據從夫人村(芙蓉莊)嫁到福沃村的陳秀英女士(現年七十歲)表示，聽她的長輩們說，約在清末芙蓉(莊)澳是一個具有相當規模的漁村聚落，有一天村中童乩突然神明附身，表示祂是巡山(孫三)將軍，要在村裡保庇居民，希望能常駐芙蓉澳，於是村民合力捐資蓋了一間小廟供奉之。但舊廟址因國軍需要構築戰備道，要求神明讓道，於是在現址，重建一座。民國七十八年，村民鑑於年久失修而有傾塌之虞，於是予以重修。並勒碑以載村民所募善款數目，廟的楹聯寫著：「廟貌巍峨地靈人傑，神功浩蕩物阜民康。」
本廟匾額為「孫三將軍廟」但神龕新製作的彩幔卻作「巡山將軍」。馬祖話「孫三」與「巡山」同音，因為軍方所建，居民表達時是「巡山將軍」(此名稱較符合民間信仰之真義，巡山將軍應為該境守護神保佑該境平安)，而建廟軍人聽成「孫三將軍」故廟額作成孫三將軍，早年居民識字不多，一時不察就沿用成習，但近來有居民質疑其中之差異，在製作新彩幔時改回「巡山將軍」。
資料來源：2008，游桂香主持，《97年度連江縣民俗及有關文物普查計畫 （信仰、生命禮俗）》，連江縣，連江縣政府文化局
祭祀活動:
信眾均向神明自稱「弟子」，拜拜時先將蠟燭點燃於正龕前的燭台左右各一支；包括廟前的天公爐，每一只香爐皆插三支香，上香完畢再將金紙元寶拿至元寶爐焚燒，燒畢放一排炮才算拜拜完畢，但近年環保要求下，除了擺暝之外，已少有人放鞭炮了。
由於芙蓉村現今居民遷居台灣或別村為多，現居住村中人口較少，元宵節時居民會備香燭禮意前來祭拜。
資料來源：2008，游桂香主持，《97年度連江縣民俗及有關文物普查計畫 （信仰、生命禮俗）》，連江縣，連江縣政府文化局