建立沿革:
夫世間無不可舉之事，亦無不可成之功，舉以善因，成以勝緣，此事之所以舉，而功之所以成者，高雄楠梓慈雲寺興建之因緣也。
本寺初名 「 慈雲院 」， 始由高雄市望族 林迦 先生之女弟孝淨上人（林阿娘）所肇創。上人發願興建道場，既可虔修以利己，更可弘法而利他，於是遍遊全省叢林，參訪各地寺院，廣增見識，以作考量。
一日遊訪至現寺址，以其茂林修竹，鍾靈毓秀，景色幽靜，環境優美，實乃理想建寺之處，於是獻出私財，與乃兄 林迦 先生，眼淨和尚 、 張準 、 林專 、 孫甚等諸大德，共同發起，興建道場。
經奉政府核准興工，於民國十七年又將寺鄰之「春天堂」歸合併入管理，至此寺址寬暢。孝淨上人為籌集淨資，不辭辛勞，各方奔走，大殿及兩廂住房遂告完成。惜未竟事功，於民國廿二年三月十日緣示寂。
繼請琉淨和尚接任住持，再建拜亭。民國廿六年十一月廿二日琉淨和尚西歸，禮請眼淨和尚繼任 第一代第三任住持 ，民國卅二年再建蓮池寶塔，四十三年建山門，四十五年增建西廊，四十六年增建講堂，四十七年建慈雲精舍。
民國四十八年改稱 「 慈雲寺 」 並創辦慈愛幼稚園。民國五十八年復建西方寶殿，至此梵宇莊嚴，雄偉壯觀矣。 民國六十年二月三日 眼淨和尚化緣已盡示寂西歸，聘請菩妙和尚接任 第二代第四任住持 ，民國六十一年增建兩廂樓房，六十四年再建功德堂。
惟因大雄寶殿從建寺以來，歷經三次銜接性興建工程，在時日已久，又曾逢賽洛瑪颱風與九二一大地震之重創下，種種工程含接處呈隙裂漏水之況，大殿主體亦有天雨漏水之虞，以致殿上佛像與藏經現腐朽毀壞之形，整體結構堅固性令人擔憂。
為顧及四眾禮佛共修之安全，會本和尚幾經考量，排除萬難，毅然決然於九十四年底以鋼骨為架，重建大雄寶殿。一磚一瓦，皆備經冷暖與艱苦，終於在九十七年初啟用。寶剎梵宇自此可謂巍然屹立，無安全之慮。