建立沿革:
該寺廟在調查過程中， 田野工作者至當地調查時發現此廟名與內政部命名指靈宮不同，廟方沿革說明在民國九十年已更改廟名。
於民國八十四年(乙亥年)十二月中，機逢大陸西湖靈隱寺，濟公活佛降駕於朴子市雙溪口，弟子侯汀元家中，本尊奉天旨來台灣，為眾生指點迷津。並令眾弟子們於民國八十五年農曆六月十六日，將金尊入火安座，賜名【指靈宮】，爾後香火鼎盛，信眾遍全台。
民國八十八年農曆二月二日，濟公活佛指示興建前殿，次年在興建一棟西方三聖殿、齋堂、禪房、香客房。數年來因弟子主任委員張麒璉女士、及侯永輝先生出資及捐獻土地，加上各方信眾踴躍出資參與，不遺餘力，共成使命。
本寺自開基至今，皆由蕭老師【法緣道師】坐鎮指導，各方佛弟子及信眾，皆來此學習佛法，及佈施貧民，學習種植各種草藥和有機蔬菜的培育，皆隨緣贈與大眾。每日於後殿實行早晚課頌，逢諸佛菩薩聖誕日時，皆舉辦法會、各種利生弘法活動等，因前來習法弟子不斷增加，於民國九十年時，再受濟公活佛之旨，於後殿改名為雙溪靈隱寺並加設【道濟慈悲功德會】一部門，每個月接濟嘉南區域貧苦之眾，約三百至五百人，目前尚增加中。
由於濟公活佛的慈悲大願，不斷聖示、關懷，渡化天下蒼生之精神，令我等深受恩澤、奇異之事、多不勝舉，前來問事信眾，皆蒙護佑，靈驗之事，名聲遠播。雙溪靈隱寺在這進步昌明的世紀中，不但令前來的信眾得到指引，也扮演著貧民的保姆，而濟公活佛偉哉之佛光，也將永久照耀一切眾生。
註:摘錄於朴子市公所宗教資訊網