創立年代參考文獻:
- 清乾隆38年（1773） (鎮南聖神宮沿革)
- 清道光17年（1837） (林衡道，《台灣寺廟大全》，1974)
- 清道光17年（1837） (林衡道，《台灣寺廟概覽》，台灣省文獻會，1978)
- 乾隆42年 （1777） (顏尚文等編，《嘉義市志 卷十 宗教禮俗志》，嘉義市政府，2005)
由於聖神宮的神靈信仰結合鎮南宮、文昌閣、玉峰書院、南門守護之神明或牌位，歷史沿革較為複雜難以辨認，文獻記載與廟方記載亦有落差，例如下述疑點：
根據《嘉義市志 卷十 宗教禮俗志》1933年五府千歲移祀文昌閣，然嘉義市志引述台灣日日新報，顯示1916年文昌閣拆毀後，神位已移祀於三山國王廟，究竟五府千歲移民於何處？據<鎮南聖神宮沿革>記載，皇民化時期，神明類被歸祀城隍廟，諸佛菩蕯則集奉北嶽殿，先賢聖哲祀奉於聖神宮。另記載，民國25年(1937)城南善信在請願下採用文昌閣舊材合祀建廟，於同年9月，聖神宮竣工。究竟鎮南宮五府千歲移祀至何處？或是皇民化時期真有建聖神宮奉祀，此問題仍有待商榷。
有鑑於其神明、牌位的遷徙，廟宇創建與拆除之複雜性，當前尚無法判定其確切創建沿革，需待更多證據佐證。