建立沿革:
明朝永曆十五年，鹿仔港遷街。施姓族人由泉州晉江縣埔頭鄉恭迎普庵祖師金身渡海來台，奉祀於埔頭街 (現今鹿港老街，埔頭是角頭地名)。康熙末年始建廟於港畔。
祖師為臨濟宗十二世孫，牧庵忠禪師，法嗣，名肅印，號普庵。宋孝宗乾道五年完寂。初時振化於袁州南泉山，故以南泉宮為紀淵源。並以尤、黃二千歲、六王府、太子元帥、法主公、吳夫人媽等配祀焉。宮坐東北，面西南，臨海與祖籍晉江遙遙相對。自是靈異屢顯，海陸盡瞻恩澤，來往船舶、行人經此必入謁，禱者其應如響，香火久而彌盛，而滄桑變幻莫測，宮隨港門淤塞而漸頹廢。二百五十餘年來，歷有修茸，而遠者其詳難考。清道光庚戌年，鄉人施仕那、施溯元重修。光緒十二年丙戌劉清水等重修。宣統三年辛亥，宮殿毀於洪水，廟中文物悉遭流失，獨祖師金身安然無恙，街中善信異之。施家平乃以土 建造正殿，販竹材建拜亭，暫存聖跡。
迨至民國12年(1923)，黃清俊、施秦、施瓊玖等提倡改築磚造，擴建內殿、拜亭。民國50年(1961)，施金獅、洪慣等並配兩廂(室仔)。民國64年(1975)，本宮因久經風雨侵蝕多呈破損，丹 金漆脫落殆盡，遂至頹廢。黃三德、施文藕、林德興等倡起重修，施瓊玖、施双月、林鐘靈等鼎力囊助，施力、郭火利、施朝輝等則奔走勸募，街之善信，捐者踴躍。於民國64年(1975)十月擇吉興工動土，宮貌煥然一新，十二月告竣。
自民國64年(1975)重建以來，南泉宮香火日盛，各地善信接踵前來膜拜，絡繹不絕。適逢政府施行都市計畫，改善交通致四周路面高過本宮地面甚多，本宮地處低窪，雖亦隨其昇高，只能昇至正殿基面而已，又梁棟瓦桶等建材久經風災水患，強半腐朽，每遇下雨積水盈尺，深以為苦。嗣由黃三德、洪慣、黃施碟、黃有諒、施山木、施炳南等倡起，得鄭一靈、洪慣、施黃蝶、陳清標、粘仲仁等鼎力讚助，施木桂、林德興、吳建成、陳邑錦等協辦，蒙各地善信人士慷慨樂捐，遂慶議成。擇民國81年(1992)八月動土先建廂房(室仔)。民國82年(1993)三月擇吉動土拆宮，四月起基興工建宮。民國84年(1995)十一月二十五日子時入火安座，民國85年(1996)十二月底竣工。