建築概況:
南瑤宮為四進三院的建築格局，分別為三川殿、正殿、觀音殿及後殿。三川殿正門面寬五開間，兩旁為廂廊
合為九開間。
三川殿的屋頂為「斷簷升箭口」的造型，即中央屋頂往上昇高，與兩旁的屋頂斷開，增加空間的美感，此種工法可見於萬華龍山寺、新竹城隍廟。
南瑤宮三川殿的石雕，雕工精湛，石材以泉州石及青斗石為主，石材交錯地映襯出石雕的內涵，石雕工藝為彰化市廟宇石雕的經典。今廟旁有一塊南瑤宮重修石碑，其上落款為「廈門泉興石廠蔣馨督造」。
南瑤宮有三對精緻的龍柱，分別位於三川殿、正殿及觀音殿，皆為日治時期的風格。
三川殿的龍柱為昭和5年（1930）由老二媽會員所敬獻，青斗石刻，八角柱身，單龍盤柱， 四爪握珠，張口呈八字形並露出尖銳的犬齒，裝飾有封神榜人物造形。
三川殿有一座八卦藻井，為大木匠師王樹發所設計的作品，泉州溪底匠師所做的藻井特色，是以斗栱層層出挑，齊集「頂心明鏡」（即上方的天花板）中間覆以天花板。
南瑤宮的藻井分為兩層，底層八角形的每一邊出二栱，每栱升四斗，以二十四組斗栱組砌而成，呈八卦形往內集中。藻井內層則以十六組斗栱組砌，八角形的每一邊出一栱，每栱再升二斗齊集頂心，並雕刻蓮花於頂心明鏡。整座藻井宛如蜘蛛結成的網狀，所以匠師又稱為「蜘蛛結網」。
正殿屋頂為重簷歇山式造型，由大木匠師吳海同所設計，殿宇結構與鹿港天后宮正殿相似。正殿棟架為三通五瓜，由於棟架挑高，所以在三通五瓜的下方再置疊斗，以加強其結構力學。
觀音殿的建築為「混合風格」
正面牌樓，刻有「誠心此地即普陀」字跡及芼莨葉的泥塑裝飾。
現（民國１００年）正維修中
觀音殿內兩旁有泥塑鏡框，採西洋風格的裝飾，吊燈及壁燈皆保留日治時期的燈飾風格。
觀音殿前的龍柱為嘉犛庄阮建華敬獻，其上落款大正5年（1916），柱身呈圓形多鏤空雕，四爪握珠，口中含珠，為典型大正時期龍柱造形的代表。
位於觀音殿前的花圃，有一尊李鐵拐的石雕像，為泉興石廠蔣馨所敬獻，原物於數年前遭竊，現為仿原作重刻。
