建立沿革:
南山寺舊稱“南壇”，為彰化地區歷史悠久之古剎。 清雍正元年設縣於彰化，時有文武官弁卒停柩，乾隆35(1770)年，由官員及士绅斥資興建南北兩厲壇：南壇位於縣東(即今南山寺址)，北壇則居北門外。
“南壇”在乾隆時期改名曰“南山寺”。 供奉三寶佛，故亦稱“三寶佛寺”。
日據時期，日人將北壇拆除改為屠宰場，善信人士乃將北壇之三寶佛移祀南山寺，然南山寺因地處八卦山麓，屢遭烽火，僅存殘垣破宇，雖有重建之議，奈未獲日本當局准許，任由6尊佛像被風雨摧殘，端賴善心路人以草笠御雨。日據時期，日人將北壇拆除改為層宰場，善信人士乃將北壇之三寶佛栘祀南山寺，然南山寺因地處八卦山麓，屢遭烽火，僅存殘垣破宇，雖有重建之議，奈未擭日本當局准許，任由6尊佛像被風雨摧殘，端賴善心路人以草笠禦雨。
台灣光復後，民國34年善信集資修補殿宇，但因無寺產，遂無人敢管理(南山寺創建之初原系官廟，寺產規彰化知縣管理：乾隆25(1760)年撥部分寺產予留養局；嘉慶15年復撥部分成立孤老院；日據時期又撥歸中山國校：所於寺產僅現今廟址。明治37年，日人成立彰化慈惠院，後遷至台中改為台中慈惠院，南山寺所餘之寺產全數改屬台中慈惠院所有，迄今每年亦需向慈惠院缴纳租金。)民國36年、47年兩度動工修建，並將南北兩壇6尊木佛改塑為3尊金身鎮坐於大雄寶殿。
民國55年，為加强宣揚佛法，成立“彰化縣南山寺管理委員會”，由主任委員林纯厚居士等敦聘碧山岩住持如學禪師之高徒禪寧法師為住持，積極整頓事務。 同年增建拜亭及禪房。
南山寺創建200餘年來，歷經滄桑，樑柱腐蝕、垣牆傾圮，為顧及安全，遂於民國64年3月再次鳩工改建為2層鋼筋水泥佛殿暨牌樓，舊有聖像亦皆重新裝金，全部工程於翌年8月竣工，1樓供奉三寶佛、觀音聖像，2樓新塑釋迦牟尼佛及地藏王菩薩。 民國75年，再戚於每至法會時期堂宇便不敷使用，禪寧法師遂又增購寺院右後側上地，籌建3層式講堂1棟，成為彌陀佛七及講戒、誦戒的法會場所。
(內殿拒絕拍攝)