建立沿革:
金湖(港東、港西村)之住民，自大陸來臺時，原住於今下崙國民小學之西，箔子寮漁港之東南，稱新港莊。因遭逢道光二十五年(1845)農曆六月初七、八之大水災及聚落之械鬪，移居至下崙、蚵寮、蚶仔寮、下湖、臺子挖。同治十三年(1874)之秋，始再聚集建設今之金湖，當時亦稱新港。
西元1845年 農曆六月七日 黃昏，風雲一夕變色，颱風雷雨大作，海嘯捲起浪濤湧進，山洪滾滾奔向海岸，瞬間吞沒沿岸港市，七日淹沒樹苓湖北部落，八日席捲南部落，生靈塗炭，哀鴻遍野，史稱台灣開拓以來最悽慘的金湖大水災(又稱六七水災)。
大水侵襲之時，據傳說，當時有一位陳姓壯漢，七日夜巡視池塘，大水淹至，返家見屋已沖垮，母親陷溺，悲慟之時，忽聞鄰居哭聲，趕往見八孩童站在木櫃上，危急之間，奮身以肩背及雙臂搭救，不料水勢凶猛，未走百步，不幸與八童齊溺，後人感念，於咸豐八年(1858年)雕塑九頭十八手戰水英雄像祭祀，人尊大萬人。
敕旨萬善同歸
水災過後，屍橫遍野，估計先民七千人罹難，地方官奏報朝廷，清朝道光皇帝憐憫百姓受難感同身受，同年農曆九月，下旨撥庫銀賑災，敕封罹難先民「萬善同歸」，後因飢荒、瘟疫橫行，先民再罹三千人，罹難者達萬人，後來流傳皇帝封萬善同歸，以符合萬人之數。
民間流傳聾龍傳說
聾龍傳說，是說一條聾龍銜命玉皇大帝聖旨欲水淹懲罰東港、蚵仔寮不敬居民，誤聽為新港、箔子寮，而兩地在大水災的災情最慘重，因違天意遭懲，變成大鯨魚擱淺海邊斃命，任由當地居民食肉烹煮，有吃鯨魚油者疫病痊癒，流傳之說，至今仍為居民津津樂道。
海嘯後骨骸所葬之處
水災過後，先民骨骸由北而南分葬在四湖廣溝厝新庄仔、口湖下寮仔、口湖青蚶庄西南、下湖港大坵墳等四地(有一說稱四座萬人堆或萬人塚)；下湖港大坵墳埋葬人數最多，修墳成半月形，其旁於咸豐元年(1851年)草廟祭祀，即今日金湖舊港蚶仔寮開基萬善祠，每年 農曆六月八日 舉辦牽水(車藏)祭典，引渡先靈脫離苦海。
下寮仔於咸豐二年(1852年)建萬善同歸祠，後因陸續發現骨骸，原塚上堆砌近四百座小坵墳，清皇賜碑「萬善同歸」，成為奇觀，每年 農曆六月七日 舉辦挑飯擔祭典，與牽水(車藏)有別；今日下寮仔萬善廟中存有兩座「萬善聖駕」神位(年代待考)，也有多座古碑，廣溝新庄墳塚於1914年遷葬於此，仿小坵墳約百座，此皆下寮仔獨有，他處所無，也是一大奇觀。
今日的金湖萬善爺廟，是從金湖舊港蚶仔寮開基萬善祠分靈奉祀，1958年新港建廟竣工，自行舉行牽水 (車藏) ，1985年重建今廟，金碧輝煌，分靈各地，神威顯赫，庇佑庶民；每年 農曆六月一日 到八日，舉辦文化祭系列活動，放水燈、藝文展、牽水(車藏)超渡祭典等，成為獨樹一幟的宗教民俗盛會。
原位於下湖港邊之萬善祠(今日蚶仔寮南邊)，本是新港人所建，亦由新港人負責祭祀。在建新聚落後例年仍在農曆六月初七、八、九三天，請僧侶作浮屠誦經修懺。並請爐、引靈至新港(金湖)搭壇，請道士做牽水(車藏) 科儀。每年分居全省各地之有關後裔，均趕回金湖牽水(車藏) 紀念先人。
民國四十六年，旅外人士，有鑒於下湖港邊之舊祠年久失修，且地處偏僻，每逢祭典請爐、引靈不便，遂有遷建新祠於新港(金湖)之議。而組織「金湖萬善祠籌建委員會」，主任委員為陳天信。卜地在新港橋東池塘，進行填土奠基，擇吉興工，於翌年農曆五月竣工，由曾仁杰撰修沿革誌，將下湖港邊舊祠之神像與香爐安置在新祠，落成安座之日，縣長親臨主祭。
民國六十九年七月，旅外人士陳居住、施崇等，鑒於本地地層下陷，廟基坍塌，有待修築或重建，共商於詩人曾人口，遂即徵詢各方意見，決議重建。乃於翌年七月，組織「金湖萬善祠重建委員會」，由陳居住任主任委員，曾人口為執行委員兼總幹事，曾石柳監工、李鼻管帳。於同年十一月二十二日拆除舊廟，其間新祠型式之選定躊躇至再。
民國七十一年七月，聘曾人格為執行委員兼總幹事，於同年農曆八月二十五日開工，仍坐壬向丙兼亥巳，將正位前移1丈，中線東移1丈8尺，地基增高3尺，翌年農曆八月八日上樑。民國七十四年農曆三月二十八日，入火安座。由曾人口撰寫「萬善同歸之由來暨金湖萬善祠之重建碑記」。重建完成後成立管理委員會，首屆主任委員為陳居住，第二屆施崇，第三、四屆為蔡永常，第五屆為曾健次。
民國八十六年，本廟部份廟地及建物被劃為西濱快速公路用地，獲准發給補償金3仟8佰萬元。以進行遷移及整建，計廟地向東移30餘公尺，廟基奠高13尺8寸，新建拜亭、金爐，並完成圍牆、廟埕、廁所，以及綠化造景等。
民國九十五年，為配合拜亭之高度，有昇高廟身之議。現已將廟身昇高一層，成為三層結構。為抗鹽分，將屋瓦及中、後殿，由南式造型改為北式。今廟貌之巍峨，已蔚為奇觀。 本地旅居高雄地區之鄉親，共同集資在高雄前鎮建有萬善堂，每年農曆六月初八日均有進香團回金湖謁祖廟。另有下湖港邊舊祠，被嘉義縣六腳鄉六斗村六斗尾玄天宮請去為配祀神之大萬人(戰水英雄)神像，每年農曆六月初八日祭典，亦請回本廟會香，接受膜拜。