創立年代參考文獻:
- 明永曆年間（ 1647 ）(文史工作者田野調查，2011年6月)
據「臺南市市區史蹟調查報告書／洪敏麟 著／臺灣省獻委員會編印／1975」載：
在民族路317巷5號，寺域佔地412坪，寺房150坪。本庵奉祀三寶佛、觀世音菩薩及齊天大聖。創建於永曆年間，原為鄭成功部將阮駿（季友）遺孀信佛持齋終老之所。按阮季友於永曆十年（1656）陣亡於舟山之役。鄭氏亡，改為寺庵，稱「阮夫人寺」，嘉慶八年（1803）重建，改稱為「萬福庵」，嘉慶十一年里人蕭元錕鳩資重修，近又改建，古色已消失。本庵史蹟價值如下：
１．創建於明鄭之古庵。
２．係鄭氏部將遺孀信佛守節之地。
３．配祀齊天大聖，為本省祀齋天大聖之嚆矢及本山。
４．有「明英義伯阮公季友牌位」，為現存最古牌位之一。
５．有林朝英書「萬福庵」、「小西天」、「三寶殿」匾額。
建立沿革:
建於明永曆年間（1647～1683），奉祀觀世音菩薩及齊天大聖。配祀齊天大聖是本省祭祀大聖的開端及本山。
萬福庵原為鄭成功部將阮駿遺霜信佛持齋終老之所。阮鄭氏亡後，後人將其故居改為阮夫人寺，原為一尼庵。清嘉慶十一年（1806）重修，取其原名諧音稱為「萬福庵」，民國六十一年（1972）原建築改建為二樓新式廟宇，只有廟前照牆仍為建築舊物。
相傳阮夫人曾以育嬰作為生計，孩兒多哭鬧冥頑，故奉祀齊天大聖，以祈求孩童易於教導。
由赤崁樓左前方小巷走入，即可見到一堵灰白、二重脊燕尾屋簷的照牆，以薄磚、石灰砌成，位於萬福庵前，燕尾舒暢微揚，色彩古樸，甚為典雅。傳說當年阮夫人來台灣定居「一元子園亭」時，此宅原本坐北朝南，後來清廷入台，施琅立宅於第一元子後園，阮夫人改建正廳，頭門朝西以克施宅，施琅乃築照牆以隔絕之，這就是目前所見的萬福庵照牆之由來。
照牆座落於廟埕之前，內以紅磚為材料，外刷白泥，屋頂採燕尾脊端，雙重脊，分為中央及兩側，中央較高，屋簷飾以藍底之紋飾。照牆亦稱照壁是傳統建築特有的入口屏障，形式具有阻擋邪氣之功能。