建立沿革:
民國34年已酉仲夏，許丕典中醫師，蒙冤獄間，夢蔥髮銀鬚聖者，帶其至一綠柳垂蔭、波碧環圍、廟宇巍峨之廟殿參膜，並未曰：〔不日出獄、汝可忍之〕。最後昰夜忽顯『鎮安宮五年千歲』聖相，隨即清風而逝，夢醒驚喜。爾後許大夫欲答神恩，經十數載塵風，尋遍全台覓得，雲林縣褒忠馬鳴山鎮安宮五年千歲聖相。遂於民國47年戊戌歲二月初九日，邀集鎮內鄉親善信共36名，依神示至馬鳴山進香，叩請聖尊 盧千歲回樹林鎮博愛街〔樹德宮〕供奉。是年移樹林鎮公有市場許中醫師漢藥房設祠奉祀。民國52年癸卯歲某日，『五年千歲公』顯聖，發爐開乩，諭示建廟安身，時勤奮虔實農稼青乩，猛然抱持盧千歲聖尊，穿越街巷，奔馳阡陌，置懷中千歲於韭菜園中（即本宮現址） ，神紀靈異，信眾蒙神啟示，經神前聖茭，由許丕典等先賢發起，積極擘劃建廟事宜，斯時經費絀限，以木造鐵皮簡易小祠暫奉，旋即成立『管理委員會』，群策群力，更蒙諸方善信慷慨捐誠，共襄盛舉。同年12月26日則吉，盧千歲親駕入火安座。 民國六十六年丁巳歲元月二十五日委員會改組，正式成立『財團法人臺北縣樹林鎮鎮南宮董監事會』。民國六十八年己未科農曆九月二十三日貣，隆重舉行三朝慶成建醮大典。『五年千歲公』德威顯奕，恩雨廣被，黎民同慶，祈求風調雨順，國泰民安。場面壯觀，盛況空前。 民國七十七年戊辰科農曆十月廿二日起，舉行建廟三十周年紀念三朝禮斗大法會，並擴大舉辦九九重陽敬老活動，延壽祝聖，禮斗祈福，嘉惠境內蓍老先賢，備受肯定，堪足慶甚。
民國九十三年歲次甲申年欣逢本宮慶成建醮二十五週年紀念，奉諭示擇於農曆甲申年十月二十六日至二十八日啟建甲申年祈安福醮（三朝福醮）大慶典。 民國九十五年因廟宇屋頂廟脊剪粘年久腐蝕，鋼筋裸露，遇雨漏水，經董、監事聯席會議議決通過廟宇屋頂廟脊全陎大翻修，並於民國九十六年歲次丁亥年農曆六月翻修完成。 民國九十六年第八屆第七次董、監事聯席會議議決通過將廟宇正殿水泥堵、廟門三川五門水泥墻、水泥柱、及廟門口階梯等改修為石雕、石堵、石柱同時由承包商三鴻實業有限公司免費贈送神馬、馬童、門神秦叔寶、尉遲恭原石石雕像各一尊，更換原水泥塑像，全部工程於民國九十七年歲次戊子年農曆六月整修竣工。
樹林鎮南宮建廟起原為樹林仕紳許丕典於日人監禁時所得的靈感，因感於五年千歲庇佑而南下尋找馬鳴山鎮安宮，並迎請五年千歲北上奉祀並建廟，為馬鳴山鎮孜宮於戰後北部最早的分靈廟，且成為樹林區現今的兩大公廟之一。