相傳開基於康熙31年（1692），確切創建年份不詳，僅知於清領時期便成為澎南地區的民間佛教信仰中心，廟宇建築整修年份在清領時期、日治時期皆失載，民國36年（1947）為已知最早的整修文字紀錄，民國75年（1986）重建為兩層樓。民國77年（1988）於一樓成立鸞堂「坤元寺惠濟堂」，著書濟世。