萬善廟原位於原案山聚落北側牛頭山的東南方，牛頭山建有平安寶塔，稱「南鐘」，萬善廟與平安寶塔遙遙相對，又稱「北鼓」，正好位於案山北極殿左右，有避邪鎮煞的風水之效。
萬善廟據傳建於昭和7年（1932），民國48年（1959）、90年（2001）曾重建，民國110年（2021）整修成今貌。萬善爺及寶塔同為早期維護案山漁船出入港安全之守護神，後因填海造陸，興建漁港和軍港，移至現址。