確切創建年代不詳，相傳乾隆初年即已建廟；另據善書記載，北極殿前身於明末清初可能為朱王廟，奉祀朱府王爺，至乾隆年間改主祀玄天上帝，更名北極殿。
北極殿原址在案山半島南海岸處，因日本海軍徵收作為軍港，遂於大正8-9年（1919-1920）遷至現址重建。大正10年（1921）設立鸞堂「至善社學禮堂」，後又成立「至善社友愛堂」。戰後，北極殿於民國53年（1964）重建，民國73年（1984）整修，今貌則為民國93-95（2004-2006）重建而成。