根據「義仁萬善公廟沿革」記載，義仁萬善公廟係存放日據時代，反抗日軍殉難之數百具義民軍靈骨，據當年傳記，溯自光緒二十年(1895)嘉義義軍遭受日軍殘殺所遺留下的骨骸。後來為紀念這些義民而在阿里山公路旁興建茅屋，供人膜拜。而後又因阿里山公路拓寬，在各地善心人士捐款下，在民國八十八年(1999)由委員會發起，重修目前之萬善公廟，並於隔年(2000)二月落成。
