依廟誌所述,天后宮創建於明萬曆十九年(西元1591),原建廟於鹿港船仔頭。 清康熙二十二年(西元1683)福建水師施琅平台恭請湄洲媽祖護軍渡海,班師回朝之際,鹿港信徒懇留入廟奉祀。至雍正三年(1725)由施世榜獻地遷建,諸信徒捐獻蓋廟,承襲祖廟之宮名,稱天后宮,俗稱舊祖宮,歷經嘉慶二十年、同治十三年、昭和十一年的重修始有今日的建築規模。