慧慈寺主供西方三聖，其前身為善化念佛會，成立於民國59年(1970)，至民國67年(1978)念佛會推選十位代表，率往佛光山頂禮星雲大師，表明獻出建寺用地，懇請大師於善化興建分院，統理信徒共修、弘法利生，終獲大師首肯。民國68年(1979)，星雲大師率領多位法師親臨慧慈寺，主持建寺破土奠基，民國69年(1980)興建善化分院，定名為佛光山善化慧慈孝，並派慈嘉法師為首任主持，於民國70年(1981)竣工落成。