慈善亭之神明遊來，據廟碑記載，是民國51年雲遊來台，初時居於大灣陳家，後點撰為鸞，扶乩救世，至民國58年信眾大增，遂成立委員會，民國73由眾信徒決議合力於新化口碑建「慈善亭北極玄元殿」，民國85年辦理午朝祈安建醮大典。