原設立於台南市東區榮譽街251號，行宮立名「三傳堂」，民國70年代遷建於今處，今廟貌為民國84年重建。
武玄宮廟前種有一株神奇甘蔗，蔗齡近二十年，如今已快四層樓高，據廟方解說，依玄天上帝指示，請諸位善信大德摸三下，可保身體健康。