慈興宮是學甲寮信仰中心，由於該地區首由學甲人莊朝遷居開發故稱學甲寮。慈興宮所祀保生大帝與中壇元帥由學甲慈濟宮分靈而來，池府千歲由苓仔寮保濟宮分祀而來，如來佛祖則由大崗山超峰寺迎奉而來。民國26年(1937)首建公厝慈興宮奉祀神明，後公厝改為南興國小學設置分班教室，慈興宮則於民國67年改建於今址。